ดูบทความหลักที่ ปลาที่พบในลุ่มแม่น้ำสาละวิน

ชนิดพันธุ์ปลาที่พบในแม่น้ำสาละวิน จัดได้ว่ามีปริมาณน้อยกว่าปลาที่พบในลุ่มน้ำใกล้เคียง อย่าง แม่น้ำเจ้าพระยา หรือแม่น้ำโขง โดยชนิดพันธุ์ปลามีความใกล้เคียงกับปลาที่พบในประเทศอินเดีย ที่อยู่ไกลออกไปนับพันกิโลเมตรมากกว่าชนิดพันธุ์ปลาที่พบในประเทศไทย และหลายชนิดเป็นปลาเฉพาะถิ่นที่ไม่พบในที่แห่งอิ่น เช่น ปลากดหมูสาละวิน, ปลากดหัวเสียม, ปลาหยะเค, ปลาแค้ขี้หมู, ปลากระทิงจุด เป็นต้น และยังมีอีกหลายชนิดที่ยังไม่ได้มีการค้นพบ[5]