แม่น้ำอากูซันมีพื้นที่ลุ่มน้ำ 3 เขตย่อย

• พื้นที่ลุ่มน้ำอากูซันตอนบน ครอบคลุมพื้นที่ต้นน้ำในจังหวัดดาเบาเดโอโร, เมืองซันตาโฮเซฟา และเบรูเอลา จังหวัดตีโมกอากูซัน
• พื้นที่ลุ่มน้ำอากูซันตอนกลาง ครอบคลุมพื้นที่เมืองซันตาโฮเซฟาและอัมปาโร จังหวัดตีโมกอากูซัน
• พื้นที่ลุ่มน้ำอากูซันตอนล่าง ครอบคลุมพื้นที่เมืองอัมปาโร จังหวัดตีโมกอากูซัน และปากน้ำที่เมืองบูตูอัน จังหวัดฮีลากังอากูซัน