ในอดีตทางแยกแห่งนี้เป็นห้าแยกที่ควบคุมโดยสัญญาณไฟจราจรทุกทิศทาง มีสภาพการจราจรติดขัดเป็นอย่างมาก แต่ในภายหลังได้มีความเปลี่ยนแปลงทางกายภาพอย่างต่อเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน

โดย กรมทางหลวง ได้ย้ายปากถนนภูมิเวท (ซอยแจ้งวัฒนะ-ปากเกร็ด 16) จากแนวที่เข้าสู่ทางแยกโดยตรงไปไว้บริเวณถนนแจ้งวัฒนะ (ขาเข้าท่าน้ำปากเกร็ด) แทนเพื่อบรรเทาปัญหาการจราจร เนื่องจากถนนภูมิเวทมีผู้ใช้เส้นทางน้อยกว่าทิศทางอื่น ๆ ผู้ที่มาจากทางแยกและต้องการเข้าสู่เส้นทางนี้จึงต้องเบี่ยงเข้าสู่ถนนแจ้งวัฒนะไปทางท่าน้ำปากเกร็ดก่อน แล้วจึงเลี้ยวซ้ายอีกครั้งหนึ่งบริเวณก่อนถึงศูนย์การค้าเมเจอร์ฮอลลีวูด ส่วนขาออกจากถนนภูมิเวทต้องเลี้ยวซ้ายไปตามถนนแจ้งวัฒนะ แล้วกลับรถบริเวณท่าน้ำปากเกร็ดเพื่อกลับเข้าสู่ทางแยกอีกครั้งหนึ่ง ทำให้การจัดการจราจรเปลี่ยนแปลงจากรูปแบบห้าแยกไปเป็นสี่แยก

ต่อมา กรมทางหลวงชนบทได้ก่อสร้างสะพานพระราม 4 ยกระดับบนถนนแจ้งวัฒนะ ข้ามแยกปากเกร็ด คร่อมท่าน้ำปากเกร็ดและข้ามแม่น้ำเจ้าพระยาต่อเนื่องไปยังถนนชัยพฤกษ์เชื่อมต่อไปสู่โครงข่ายถนนราชพฤกษ์ ทำให้เกิดโครงข่ายเส้นทางเข้า-ออกเมืองที่สำคัญบริเวณแยกปากเกร็ด

ในภายหลัง กรมทางหลวง ได้ก่อสร้างอุโมงค์ลอดทางแยกในแนวถนนติวานนท์ทั้งขาเข้าแยกแครายอำเภอเมืองนนทบุรีและขาออกไปจังหวัดปทุมธานี ทำให้การจราจรบริเวณทางแยกคล่องตัวมากขึ้น ประกอบกับการก่อสร้างถนนเลี่ยงเมืองปากเกร็ด ซึ่งช่วยแบ่งเบาการจราจรของแยกปากเกร็ดโดยตรง แต่สภาพการจราจรของแยกปากเกร็ดยังคงติดขัดอยู่เป็นประจำ เนื่องจากบริเวณโดยรอบทางแยกเป็นที่ตั้งของสถานที่ราชการ โรงเรียน ตลาด และศูนย์การค้าจำนวนมาก รวมทั้งเป็นจุดเชื่อมต่อเส้นทางที่สำคัญจากอำเภอปากเกร็ดไปสู่อำเภอเมืองนนทบุรี อำเภอบางบัวทอง จังหวัดปทุมธานี และกรุงเทพมหานคร