ไฮเซินแบร์คได้รับรางวัลจำนวนมาก ตัวอย่างดังต่อไปนี้:[1]

• ดุษฎีบัณฑิตกิติมศักด์ จากมหาวิทยาลัย Bruxelles, มหาวิทยาลัยเทคโนโลยี Karlsruhe, และมหาวิทยาลัยบูดาเปสต์
• Order of Merit of Bavaria
• Romano Guardini Prize[2].
• Grand Cross for Federal Service with Star
• Knight of the Order of Merit (Peace Class)
• สมาชิกของ Royal Society แห่งลอนดอน
• สมาชิกของสมาคมวิทยาศาสตร์แห่งกอตติงเกน, บาวาเรีย, แซกโซนี, ปรัสเซีย, สวีเดน, โรมาเนีย, นอร์เวย์, สเปน, เนเธอร์แลนด์, โรม (Pontifical), สมาคมวิทยาศาสตร์ลีโอโปลดินาแห่งเยอรมัน (Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina) (Halle), the Accademia dei Lincei (Rome), และสมาคมวิทยาศาสตร์แห่งอเมริกา
• พ.ศ. 2475 – รางวัลโนเบลสาขาฟิสิกส์ "สำหรับการสร้างสรรค์กลศาสตร์ควอนตัมและวิธีการนำไปใช้ ซึ่งเปิดเส้นทางสู่การค้นพบรูปแบบแท้จริงของไฮโดรเจน"[3]
• พ.ศ. 2476 –เหรียญรางวัลมักซ์ พลังค์ จาก Deutsche Physikalische Gesellschaft