หลังจากงานแสดงภาพชุดสุดท้ายในชีวิตของเขา “อาหารค่ำมื้อสุดท้าย (The Last Supper)” ที่ไปเปิดแสดงในงานแสดงภาพของเขาที่มิลาน ประเทศอิตาลี เมื่อกลับมาที่นิวยอร์กเขาก็ล้มป่วยลงและเข้ารักษาตัวที่โรงพยาบาลในนิวยอร์กนั่นเอง แอนดีป่วยด้วยโรคถุงน้ำดีอักเสบเช่นเดียวกับที่เกิดขึ้นกับพ่อของเขา แต่นั่นเป็นการเข้าโรงพยาบาลครั้งสุดท้ายในชีวิตของเขา เมื่อเกิดอาการช็อกระหว่างการผ่าตัดทำให้แอนดีถูกประกาศว่าเสียชีวิตด้วยอาการหัวใจวายในวันที่ 22 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1987 ในเวลา 6.30 น. นั่นเอง

ในภายหลังนั้นญาติของแอนดีได้พยายามที่จะฟ้องเรียกค่าเสียหายจากโรงพยาบาลเนื่องจากความบกพร่องของคณะแพทย์ทำให้คนไข้เสียชีวิต เนื่องจากแอนดีไม่มีทายาทใดๆ พี่ชายและน้องชายของเขาจึงเป็นผู้รับมรดกซึ่งภายหลังมีการเปิดเผยทรัพย์สินที่แอนดีทิ้งไว้นั้นมีเงินจำนวนมากว่า 500 ล้านดอลลาร์ในธนาคาร ที่ดินอีกมากมาย อาคาร และอพาร์ตเมนต์ต่างๆอีกหลายแห่งในที่ต่างๆรวมทั้งงานศิลปะอีกมากมายที่เขาเก็บสะสมเอาไว้กับผลงานของเขา ซึ่งในเวลาต่อมาทั้งพี่ชายและน้องชายของเขาก็ร่วมกันในชื่อของครอบครัวช่วยกันกับเพื่อนๆของแอนดี ก่อตั้งมูลนิธิแอนดี วอร์ฮอ ล ขึ้น และเปิดพิพิธภัณฑ์ แอนดี วอร์ฮอล ที่ในบ้านเกิดของเขาในพิตส์เบิร์ก ส่วนร่างของเขานั้นได้ถูกนำไปฝังที่สุสานไบแซนไทน์ เซนต์ จอห์น เดอะ แบ็บติส (St. John the Baptist Byzentine Cemetery) ในพิตส์เบิร์ก ร่วมกับพ่อและแม่ของเขา