กลุ่ม อี ของ แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019 รอบคัดเลือก จะเป็นหนึ่งของ 12 กลุ่มที่จะตัดสินหาทีมที่เข้าไปสู่ทัวร์นาเมนต์ แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019 รอบสุดท้าย. กลุ่มนี้ประกอบไปด้วยสี่ทีม: ไนจีเรีย, แอฟริกาใต้, ลิเบีย, และ เซเชลส์.[1]แต่ละทีมลงเล่นแบบพบกันหมดในรูปแบบเหย้าและเยือนระหว่างเดือนมิถุนายน 2560 และเดือน พฤศจิกายน 2561.[2]ผู้ชนะของกลุ่มนี้จะได้ผ่านเข้าไปเล่นใน แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019, ในขณะที่ทีมรองแชมป์ของกลุ่มจะได้ผ่านเข้ารอบถ้าพวกเขาได้อยู่ในกลุ่ม สามทีมรองแชมป์ที่ดีที่สุด.[3]