ในปี พ.ศ. 2546 แอร์เอเชียได้เปิดตัวท่าอากาศยานรองแห่งที่สองที่ ท่าอากาศยานนานาชาติเซไน ใน รัฐยะโฮร์ บาห์รู ซึ่งใกล้กับประเทศสิงคโปร์และเปิดตัวเที่ยวบินระหว่างประเทศเป็นครั้งแรกด้วย โดยบินตรงสู่กรุงเทพมหานคร ประเทศไทย และเริ่มมีการจัดตั้งสายการบินไทยแอร์เอเชีย เปิดเส้นทางบินสู่ประเทศสิงคโปร์, มาเก๊า, เซียะเหมิน ประเทศจีน, กรุงมะนิลา, ประเทศเวียดนาม ประเทศกัมพูชา และ ประเทศพม่าในปัจจุบันแอร์เอเชียมาเลเซีย มีท่าอากาศยานรองอีกสองแห่งในมาเลเซียตะวันออก ได้แก่ ท่าอากาศยานนานาชาติกูชิง ตั้งอยู่ในเมืองกูชิง รัฐซาราวัก และ ท่าอากาศยานนานาชาติโกตากีนาบาลู ตั้งอยู่ในเมืองโกตากีนาบาลู รัฐซาบะฮ์