เนื่องจากรัฐธรรมนูญของประเทศฟิลิปปินส์ไม่อนุญาตให้ชาวต่างชาติเป็นเจ้าของธุรกิจที่จดทะเบียนในประเทศฟิลิปปินส์ 100% จึงได้มีการร่วมลงทุนของนักธุรกิจชาวฟิลิปปินส์ และ แอร์เอเชีย เบอร์ฮัด แอร์เอเชียมาเลเซีย ในสัดส่วน 60% และ 40%. บริษัทร่วมทุนได้รับการอนุมัติเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2553 โดยคณะกรรมการการลงทุน, ซึ่งเป็นหน่วยงานในประเทศฟิลิปปินส์
เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2554, แอร์เอเชียฟิลิปปินส์ได้รับมอบ เครื่องบินแอร์บัส A320 ลำใหม่เป็นลำแรก ที่สนามบินนานาชาติคลาร์คในเมือง แองเจเลสซิตี้ ต่อมาในวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2554 ได้รับมอบเครื่องบินแอร์บัส A320 เป็นลำที่ 2 เพิ่มเข้าฝูงบินด้วย, รวมเครื่องบินแอร์บัส A320 ในฝูงบิน เป็นจำนวน 2 ลำ และ จะเพิ่มจำนวนเครื่องบินแอร์บัส A320s เข้ามาในฝูงบินขึ้นอีก 4 ลำ ภายในเดือนมิถุนายนของปีพ.ศ. 2555.
เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555, สายการบินแอร์เอเชียฟิลิปปินส์ ได้รับหนังสือรับรองผู้ประกอบการการบิน[5] จากหน่วยงานการบินพลเรือนของประเทศฟิลิปปินส์ ซึ่งจะทำให้สายการบินได้รับอนุญาตให้บินในน่านฟ้าของประเทศฟิลิปปินส์ด้วย
ในปัจจุบัน แอร์เอเชียฟิลิปปินส์ ได้เข้าซื้อกิจการของ สายการบิน เซสต์แอร์ และได้ย้ายฐานการบินจาก สนามบินนานาชาติคลาร์คในเมือง แองเจเลสซิตี้ มาให้บริการที่ ท่าอากาศยานนานาชาตินินอย อควิโน ที่กรุงมะนิลา เป็นท่าอากาศยานหลัก และได้เปลี่ยนชื่อ สายการบิน เซสต์แอร์ เป็น แอร์เอเชียเซสต์ (Z2) โดยให้บริการร่วมกันใน 3 เมืองหลักคือ เมืองเซบู , เมืองคาลิโบ้ และ เมืองดาเวา