โดยที่ศาสตราจารย์ เอลลิสได้สร้างคุณประโยชน์ในด้านการศึกษาวิชาการแพทย์และการแพทย์โดยทั่วไปเป็นอย่างมาก เมื่อ พ.ศ. 2473 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้พระราชทานปริญญาแพทย์ศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์แก่ศาสตราจารย์เอลลิสในวาระที่มีการประสาทปริญญาทางการแพทย์เป็นครั้งแรกของประเทศไทย และต่อมาในปี พ.ศ. 2478 ศาสตราจารย์จึงได้รับการโปรดเกล้าแต่งตั้งเป็นอธิการบดีคนที่ 3 ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยและดำรงตำแหน่งเป็นเวลา 1 ปี กับ 1 เดือนและ ได้รับการแต่งตั้งเป็นศาสตราจารย์อุปการคุณ(Emeritus professor) แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2481