คำว่า "แฮกกาธอน" เป็นคำผสมระหว่างคำว่า "แฮก" และ "มาราธอน" ซึ่งคำว่าแฮกได้รับการนำมาใช้ในความหมายของการเขียนโปรแกรมสำรวจตรวจค้น โดยไม่ได้มีความหมายอ้างอิงถึงอาชญากรรมทางคอมพิวเตอร์ คำนี้ดูเหมือนว่าจะได้รับการทำให้เกิดขึ้นอย่างเป็นอิสระโดยนักพัฒนาของโอเพนบีเอสดี และทีมการตลาดของซัน ซึ่งการใช้นี้เกิดขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1999 [ต้องการอ้างอิง]