แฮร์ทา เบเอ็สเซ ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2435 (ค.ศ. 1892) ในชื่อ เบเอ็ฟเซ แฮร์ทา 92 (BFC Hertha 92) และในปี พ.ศ. 2463 เนื่องจากสภาพการเงินที่ไม่ดี จึงได้รวมเข้ากับสโมสร เบเอ็สเซ แบร์ลีน (BSC Berlin) และเปลี่ยนชื่อเป็น สโมสรกีฬาแฮร์ทา เบเอ็สเซ เหมือนในปัจจุบัน[1] ,[2]

อดีตมีนักฟุตบอลชาวไทยร่วมทำหน้าที่กับสโมสรแห่งนี้ด้วยคือ วิทยา เลาหกุล