เรื่องเริ่มต้นที่แฮร์รี่ซึ่งต้องใช้เวลาช่วงปิดภาคเรียนอยู่ที่บ้านเดอร์สลีย์เช่นเดียวกับปีที่ผ่านๆ มา ได้เห็นข่าวเกี่ยวกับนักโทษแหกคุกคนหนึ่งชื่อ ซิเรียส แบล็ก เมื่อป้ามาร์จพี่สาวของลุงเวอร์นอนมาเยี่ยมครอบครัวเดอร์สลีย์ และพูดจาถากถางดูถูกแฮร์รี่และพ่อแม่ แฮร์รี่โกรธจัดจนทำให้ป้ามาร์จตัวพองขึ้นเรื่อยๆ และลอยหายไป ทำให้เขาต้องหนีออกจากบ้านเพราะรู้ว่าทำผิดกฎหมายในข้อหาใช้เวทมนตร์โดยอายุยังไม่ถึงเกณฑ์ ที่ถนนนอกบ้าน เขาเห็นสุนัขสีดำตัวใหญ่เฝ้ามองเขาอยู่ แต่ทันใดนั้นรถเมล์อัศวินราตรีก็ปรากฏขึ้นและพาเขาไปส่งที่ตรอกไดแอกอน ระหว่างการเดินทาง แฮร์รี่เห็นข่าวในหนังสือพิมพ์ที่กล่าวถึงแบล็กว่าฆ่าคนถึงสิบสามคนด้วยคำสาปเดียว และเป็นหนึ่งในผู้สนับสนุนลอร์ดโวลเดอมอร์ แฮร์รี่ได้พบกับคอร์นีเลียส ฟัดจ์ รัฐมนตรีกระทรวงเวทมนตร์ ซึ่งเขาคิดว่าตัวเองคงต้องถูกไล่ออกจากฮอกวอตส์แน่ๆ เพราะทำผิดกฎหมาย แต่การณ์กลับเป็นว่าไม่มีใครสนใจเรื่องนั้นอีก ที่ร้านหม้อใหญ่รั่ว แฮร์รี่ได้ยินนายและนางวีสลีย์เถียงกันว่าน่าจะต้องเตือนเขาเกี่ยวกับแบล็กหรือไม่

เมื่อแฮร์รี่เริ่มเรียนชั้นปีที่สาม ที่ฮอกวอตส์มีการเปลี่ยนแปลงเล็กๆ น้อยๆ เรื่องหนึ่งก็คือดูเหมือนว่าเฮอร์ไมโอนี่ เกรนเจอร์มีวิชาเรียนทุกวิชา โดยบางวิชามีเวลาเรียนตรงกันด้วย นอกจากนี้ก็มีอาจารย์ใหม่มาสอนสองท่าน คือศาสตราจารย์รีมัส เจ.ลูปิน ซึ่งสอนวิชาป้องกันศาสตร์มืด และรูเบอัส แฮกริด สอนวิชาสัตว์วิเศษ การสอนของลูปินสนุกสนานมากในขณะที่ของแฮกริดออกจะน่าเบื่อ ในชั้นเรียนวันแรก เดรโก มัลฟอยเข้าไปแหย่ตัวฮิปโปกริฟ(สัตว์ครึ่งม้าครึ่งนก)ชื่อบัคบีกที่แฮกริดนำมาสอน จึงถูกบัคบีกทำร้าย ทำให้ลูเซียสพ่อของมัลฟอยผู้มีอิทธิพลอย่างสูงในกระทรวงและคณะผู้ปกครองของฮอกวอตส์ยื่นคำร้องให้ประหารบัคบีก

การที่แบล็กยังคงลอยนวลอยู่ ทำให้ทางกระทรวงส่งผู้คุมวิญญาณซึ่งเป็นผู้คุมนักโทษที่คุกอัซคาบัน มาคุ้มกันฮอกวอตส์ ผู้คุมวิญญาณทำให้ความสุขหมดสิ้นในทุกแห่งที่มันไปถึง ซึ่งส่งผลต่อแฮร์รี่เป็นอย่างมาก ตั้งแต่ที่เห็นมันเป็นครั้งแรกเมื่อตอนเปิดเทอมระหว่างนั่งรถไฟไปฮอกวอตส์ และมันทำให้เขาถึงกับหมดสติไป ศาสตราจารย์ลูปินจึงสอนคาถาผู้พิทักษ์ซึ่งสามารถไล่ผู้คุมวิญญาณไปได้ให้แก่แฮร์รี่ ในการแข่งขันควิดดิช มีผู้คุมวิญญาณมากลุ้มรุมแฮร์รี่ ทำให้เขาหมดสติและหล่นจากไม้กวาด ศาสตราจารย์ดัมเบิลดอร์ช่วยเขาไว้ได้ แต่ไม้กวาดนิมบัส 2000 หลุดเข้าไปใกล้ต้นวิลโลว์จอมหวดและโดนหวดจนพังยับเยิน

ในช่วงเดียวกันนี้ เฮอร์ไมโอนีกับรอนก็มีเรื่องขัดแย้งกัน เพราะครุกแชงส์ แมวของเฮอร์ไมโอนีชอบไล่จับสแคบเบอร์หนูของรอน ช่วงคริสต์มาสมีคนส่งของขวัญเป็นไม้กวาดไฟร์โบลต์มาให้แฮร์รี่ เฮอร์ไมโอนีคิดว่าแบล็กเป็นคนส่งมาและอาจเป็นอันตราย จึงไปบอกศาสตราจารย์มักกอนนากัล ซึ่งยึดไม้กวาดไปตรวจสอบและส่งคืนให้แฮร์รี่ทันการแข่งขังควิดดิชครั้งต่อไปกับทีมเรเวนคลอ ซึ่งแฮรี่ได้ขอให้ ลูปินสอนคาถาผู้พิทักษ์ก่อนเกมการแข่ง แฮร์รี่กับรอนโกรธเฮอร์ไมโอนีมาก แต่เมื่อได้ไม้กวาดคืนก็พยายามขอคืนดี แต่สถานการณ์กลับเลวร้ายเมื่อรอนพบว่าสแคบเบอร์หายไป และมีเลือดกับขนแมวเปื้อนผ้าปูที่นอน แล้วเฮอร์ไมโอนีไม่เชื่อว่าแมวของเธอเป็นต้นเหตุ

ก่อนคริสต์มาสเล็กน้อย ฮอกส์วอตส์มีการพานักเรียนไปเที่ยวฮอกส์มี้ดแต่ต้องได้รับอนุญาตจากพ่อแม่แฮรี่เลยไม่ได้ไป ฝาแฝดวีสลีย์จึงมอบแผนที่ตัวกวนให้แฮร์รี่ มันเป็นแผนที่ของฮอกวอตส์ซึ่งแสดงชื่อของคนและสัตว์ทั้งหมดที่เคลื่อนที่อยู่ภายในฮอกวอตส์ แฮร์รี่ใช้แผนที่นี้หาทางไปฮอกส์มี้ด แฮร์รี่ได้ฟังการสนทนาเกี่ยวกับแบล็กที่รบกวนจิตใจเขาเป็นอย่างมาก เพราะปรากฏว่าแบล็กเป็นเพื่อนรักของพ่อแม่ของเขาและเป็นพ่อทูนหัวของเขา แต่กลับบอกที่ซ่อนครอบครัวพอตเตอร์จนลอร์ดโวลเดอมอร์ตามมาพบและเป็นผู้ฆ่าปีเตอร์ เพ็ตติกรูว์ เพื่อนอีกคนหนึ่ง รวมทั้งมักเกิ้ลที่เห็นเหตุการณ์อีกสิบสามคนด้วย

ระหว่างที่แฮร์รี่คุยกับศาสตราจารย์ทรีลอว์นีย์ เธอก็ตกอยู่ในห้วงภวังค์และทำนายว่าผู้รับใช้จอมมารจะกลับมาหาเขาในคืนนั้น ส่วนเฮอร์ไมโอนีก็พยายามช่วยแฮกริดเรื่องบัคบีก ซึ่งทำให้แฮร์รี่และรอนมาคืนดีด้วย การที่รอนเสนอตัวช่วยทำให้เธอดีใจจนเข้าไปกอดเขาและขอโทษเรื่องหนู เมื่อทั้งสามคนรู้ว่าบัคบีกต้องถูกสังหาร ก็พากันไปหาแฮกริดเพื่อปลอบใจ ระหว่างนั้นสแคบเบอร์โผล่ขึ้นมา และครุกแชงส์ไล่มันไปถึงต้นวิลโลว์จอมหวด ก็มีหมาใหญ่ก็กระโจนใส่รอนและลากเขากับสแคบเบอร์เข้าไปในโพรงแถวโคนต้นไม้ แฮร์รี่และเฮอร์ไมโอนีตามเข้าไปพบว่าเป็นอุโมงค์ไปโผล่ที่เพิงโหยหวน ที่นั่นเอง แฮร์รี่ได้เผชิญหน้ากับซิเรียส แบล็ก ซึ่งเป็นแอะนิเมจัส สามารถแปลงร่างเป็นสุนัขได้ ลูปินซึ่งเห็นชื่อของทุกคนในแผนที่ตัวกวนก็ตามมาและตรงเข้าสวมกอดแบล็กเพื่อนเก่า พร้อมทั้งยอมรับที่เฮอร์ไมโอนีบอกว่าเขาเป็นมนุษย์หมาป่า และเล่าว่าพวกเขาสี่คน ลูปิน แบล็ก เพ็ตติกรูว์ และเจมส์ พอตเตอร์เป็นผู้ทำแผนที่ตัวกวนขึ้นมาเอง สองคนหลังก็เป็นแอะนิเมจัสเช่นกัน โดยแปลงร่างเป็นหนูและกวางตามลำดับ ลูปินและแบล็กอธิบายว่าสแคบเบอร์จริงๆ แล้วก็คือปีเตอร์ เพ็ตติกรูว์ ซึ่งรับใช้ลอร์ดโวลเดอมอร์และทรยศครอบครัวพอตเตอร์แล้วใส่ร้ายแบล็ก แฮร์รี่ยังสงสัยจนกระทั่งแบล็กและลูปินจัดการให้เพ็ตติกรูว์คืนร่างเป็นคนได้ แบล็กเล่าว่าเขาพบว่าเพ็ตติกรูว์ยังมีชีวิตอยู่จึงหนีออกจากคุกอัซคาบันเพื่อตามฆ่ามัน แบล็กและแฮร์รี่สนิทกันอย่างรวดเร็ว

ขณะที่ทุกคนมุ่งหน้ากลับปราสาท พระจันทร์เต็มดวงขึ้นมาพอดี ทำให้ลูปินต้องกลายร่างเป็นมนุษย์หมาป่า และแบล็กกลายร่างเป็นหมาใหญ่เพื่อช่วยยับยั้งไม่ให้ลูปินทำอันตรายคน เพ็ตติกรูว์ก็ฉวยโอกาสหลบหนีไป ลูปินหนีไปได้ ส่วนแบล็กบาดเจ็บสาหัส และพวกผู้คุมวิญญาณก็จะเข้ามาจัดการ แฮร์รี่และเฮอร์ไมโอนีเห็นบุคคลลึกลับผู้หนึ่งอยู่ไกลๆ เสกคาถาผู้พิทักษ์ออกมาเป็นกวาง ขับไล่พวกผู้คุมวิญญาณไปจนหมด แฮร์รี่เชื่อว่าคนคนนั้นต้องเป็นพ่อของเขาเพราะจำได้ว่าพ่อแปลงเป็นกวางได้ จากนั้นแบล็กก็ถูกจับกลับไปที่ปราสาทซึ่งพวกผู้คุมวิญญาณเตรียมจุมพิตดูดวิญญาณไว้รอเขาแล้ว(การจุ่มพิษของผู้คุมวิญญาณจะดูดวิญญานออกไปแต่ยังมีร่างอยู่ทำให้เหมือนตายทั้งเป็น)

ดัมเบิลดอร์พูดเป็นปริศนาว่าสองชีวิตจะรอดในคืนนั้น และหมุนสามรอบน่าจะใช้ได้ เฮอร์ไมโอนีจึงเผยความลับกับแฮร์รี่ว่าเธอมีนาฬิกาย้อนเวลาซึ่งทำให้เข้าเรียนได้ทุกวิชา ทั้งสองพากันย้อนเวลากลับไปสามชั่วโมง เฝ้าดูพวกตัวเองจนถึงเวลาเหมาะจึงเข้าไปปล่อยบัคบีก และกลับไปที่วิลโลว์จอมหวด ขณะที่ผู้คุมวิญญาณกำลังจะจัดการแฮร์รี่และแบล็ก"อีกคู่หนึ่ง" แฮร์รี่ก็รอให้พ่อของเขาปรากฏตัว และแล้วเขาก็ตระหนักว่าบุคคลลึกลับผู้นั้นคือตัวเขาเอง จึงเสกคาถาผู้พิทักษ์ออกมาขับไล่พวกผู้คุมวิญญาณไป จากนั้นทั้งคู่ก็ขโมยบัคบีคออกมาจากหน้ากระท่อมของแฮกริดทำให้บัคบีครอดตายและขี่บัคบีกกลับไปปราสาท และให้แบล็กขี่บัคบีกหนีไป แล้วสองคนก็กลับมาที่เดิมทันเวลาพอดี แฮร์รี่ผิดหวังมากที่ไม่สามารถไปอยู่กับพ่อทูนหัวได้ แต่ก็รู้สึกดีที่รู้ว่าแบล็กปลอดภัย แถมยังถือโอกาสขู่ลุงเวอร์นอนได้ด้วยว่า หากแฮร์รี่ฟ้องว่าลุงใจร้ายกับเขา พ่อทูนหัวซึ่งเป็นฆาตกรโหดย่อมไม่ลังเลที่จะลงมือจัดการลุงเวอร์นอนอย่างแน่นอน