เรื่องเริ่มต้นที่บ้านของลูเซียส มัลฟอย โดยลอร์ดโวลเดอมอร์ และสมุนจำนวนหนึ่ง วางแผนการเกี่ยวกับการย้ายออกจากบ้านเดอร์สลี่ย์ของแฮร์รี่ พอตเตอร์ เจ้าหน้าที่ของกระทรวงชื่อแยกซ์ลีย์ ระบุว่าแฮร์รี่จะย้ายออกในวันคล้ายวันเกิด ในขณะที่สเนประบุว่าแฮร์รี่จะย้ายออกก่อนหน้านั้นหนึ่งสัปดาห์ โวลเดอมอร์ยืมไม้กายสิทธิ์ของมัลฟอย จากการที่ไม้กายสิทธิ์ของเขาเองใช้ไม่ได้ผลกับแฮร์รี่

ภาคีนกฟีนิกซ์ส่งพ่อมดมาคุ้มครองครอบครัวเดอร์สลีย์ ในขณะที่กองกำลังอีกส่วนหนึ่งมาพาตัวแฮร์รี่ออกไป โดยวางแผนให้คนอีกหกคนเป็นนกต่อ ใช้น้ำยาสรรพรสแปลงตัวเป็นแฮร์รี่กระจายไปยังที่ซ่อนต่างๆกัน แต่แฮร์รี่ยังคงถูกสมุนโวลเดอมอร์ระบุตัวได้จากการใช้คาถาปลดอาวุธที่เขาใช้กับผู้เสพความตายซึ่งถูกคาถาสกดใจ อย่างไรก็ตาม ไม้กายสิทธิ์ของแฮร์รี่ยังคงชนะไม้ที่ยืมมาของโวลเดอมอร์ แฮร์รี่ไปถึงบ้านโพรงกระต่ายอย่างปลอดภัย แต่เฮ็ดวิกต้องตายจากการปะทะกัน และพบว่าจอร์จ วีสลีย์เสียหูไปข้างหนึ่งด้วยคาถาของสเนป และอลาสเตอร์ มูดดี้ถูกโวลเดอมอร์ฆ่า

สองสามวันต่อมา รัฐมนตรีกระทรวงเวทมนตร์มาที่บ้านโพรงกระต่าย เพื่อนำของตามพินัยกรรมของดัมเบิลดอร์มาให้แฮร์รี่ รอน และเฮอร์ไมโอนี่ รอนได้รับ "ดีลูมิเนเตอร์" หรือ "ที่ดับไฟ" ของดัมเบิลดอร์ เฮอร์ไมโอนี่ได้รับหนังสือ "นิทานของบีเดิลยอดกวี"เป็นภาษารูนโบราณ ส่วนแฮร์รี่ได้รับลูกสนิชลูกแรกที่แฮร์รี่จับได้ และดาบของกริฟฟินดอร์ อย่างไรก็ตามกระทรวงไม่ได้ให้ดาบแก่แฮรี่เพราะกระทรวงไม่รู้ว่าดาบอยู่ที่ไหน

ในระหว่างงานแต่งงานของบิล วีสลีย์ และเฟลอร์ เดอลากูร์ มีข่าวมาว่าโวลเดอมอร์ได้เข้าควบคุมกระทรวงเวทมนตร์เป็นผลสำเร็จ และผู้เสพความตายได้เข้าโจมตีอีกครั้ง แฮร์รี่และเพื่อนทั้งสองหายตัวหนีไปยังบาร์ของมักเกิ้ลแห่งหนึ่ง แต่ก็ถูกตามพบอย่างง่ายดาย เพราะโวลเดอร์มอร์ได้ใช้ชื่อตัวเองเป็นคำต้องห้าม อย่างไรก็ตาม ทั้งสามหนีรอดไปได้อีก จากนั้นจึงหนีไปยังบ้านเลขที่ 12 กริมโมลด์เพลซ ซึ่งได้ค้นพบว่า ร.อ.บ. คือเรกูลัส แบล็ก น้องของซิเรียสจากการสอบถามเอลฟประจำบ้านครีเชอร์และล็อกเก็ตของจริงซึ่งแฮร์รี่ตามหานั้น ไปตกอยู่ในความครอบครองของโดโลเรส อัมบริดจ์ได้มาจากการขายของมันดังกัส

กลุ่มของแฮร์รี่สามารถบุกเข้าไปในกระทรวง และนำล็อกเก็ตมาได้สำเร็จ อย่างไรก็ตาม ที่ซ่อนที่กริมโมลด์เพลซถูกค้นพบ ทั้งสามจึงต้องเร่ร่อนตามชนบทโดยเปลี่ยนที่พักแรมไปเรื่อยๆ และต่อมาได้ทราบโดยบังเอิญว่าดาบกริฟฟินดอร์ที่เคยเห็นเป็นดาบปลอมทำเลียนแบบ ส่วนดาบจริงนั้นหายไป ระหว่างนั้น รอนได้ทะเลาะกับแฮร์รี่ และแยกตัวจากไป แฮร์รี่และเฮอร์ไมโอนี่ไปยังก็อดดริกฮอลโล่ เพื่อตามหาดาบ แต่กลับถูกนากินี งูของโวลเดอมอร์ทำร้าย และไม้กายสิทธิ์ของแฮร์รี่เสียหายโดยไม่อาจซ่อมได้ หลังจากนั้นไม่นาน มีผู้พิทักษ์รูปกวางตัวเมียปรากฏตัวบริเวณค่ายพักที่แฮร์รี่อยู่ และกวางได้นำแฮร์รี่ไปพบดาบกริฟฟินดอร์ซึ่งซ่อนอยู่ในบึงน้ำแข็ง รอนกลับมาช่วยแฮร์รี่ในการนำดาบขึ้นมา และทำลายล็อกเก็ตซึ่งเป็นฮอร์ครักซ์อันแรก ทั้งสามไปยังบ้านของครอบครัวเลิฟกู๊ด และได้รู้เรื่อง "เครื่องรางยมทูต" สามอย่าง ได้แก่ ไม้กายสิทธิ์ที่ทำจากไม้เอลเดอร์ ซึ่งทำให้ชนะการต่อสู้ หินชุบวิญญาณ ที่สามารถเรียกคนตายกลับมา และผ้าคลุมล่องหนที่ไม่เสื่อมตามกาลเวลา อย่างไรก็ตาม พ่อของลูน่าแจ้งกระทรวงเรื่องแฮร์รี่ โดยหวังแลกกับลูน่าที่ถูกจับไปก่อนหน้า พวกของแฮร์รี่หนีรอดได้อีกครั้ง

พวกของแฮร์รี่ถูกนักล่าค่าหัวจับได้ หลังจากแฮร์รี่เผลอเอ่ยชื่อโวลเดอมอร์ เพราะมีการเสกคาถาให้เป็นคำต้องห้ามและบุคคลที่พูดคำนี้จะถูกระบุตัวได้ทันที พวกนักล่านำแฮร์รี่และเพื่อน รวมทั้งดีน โทมัส และก็อบลินชื่อกริ๊บฮุกที่ถูกจับอยู่ด้วยไปยังบ้านมัลฟอย ที่นั้น พวกเขาได้พบกับโอลิแวนเดอร์ ช่างทำไม้กายสิทธิ์ และลูน่า เลิฟกู๊ด ทั้งหมดหนีไปได้ด้วยความช่วยเหลือของน้องชายดัมเบอร์ดอร์ซึ่งได้กระจกอีส่วนของซีเรียส แบล็กไปจึงได้เรียกด็อบบี้ เอลฟ์ที่เคยอยู่กับมัลฟอย แต่ดอบบี้ถูกเบลลาทริกซ์ เลสแตรงจ์ฆ่าตาย พวกเขาหนีไปอยู่ที่บ้านของบิลและเฟลอร์

ทั้งสามบุกเข้าไปในธนาคารกริงกอตส์ด้วยความช่วยเหลือของก็อบลิน และขโมยถ้วยฮัฟเฟิลพัฟออกมาจากห้องนิรภัยของเลสแตรงจ์โดยได้ขโมยมังกรออกมา โวลเดอมอร์ทราบข่าวการขโมยนี้ จึงทราบในที่สุดว่าพวกแฮร์รี่กำลังตามหาฮอร์ครักซ์ แฮร์รี่ได้รับรู้ความคิดของโวลเดอมอร์อีกครั้ง ขณะที่เขากำลังลำดับที่ตั้งของฮอร์ครักซ์ทั้งหมด ทำให้แฮร์รี่ได้รู้ว่าฮอร์ครักซ์อันสุดท้ายที่ตนยังไม่ทราบว่าเป็นอะไรนั้นอยู่ในฮอกวอตส์นั่นซึ่งเกี่ยวกับเรเวนคลอ พวกเขากลับเข้าไปในฮอกวอตส์ด้วยความช่วยเหลือของอาเบอร์ฟอร์ธ ดัมเบิลดอร์ น้องชายของอัลบัส

แฮร์รี่แจ้งเตือนการมาของโวลเดอมอร์แก่อาจารย์ และพบฮอร์ครักซ์ซึ่งเป็นรัดเกล้าของเรเวนคลอในห้องต้องประสงค์ หลังจากนั้นพวกของแฮร์รี่ได้ไปยังเพิงโหยหวน และเห็นโวลเดอมอร์ฆ่าสเนป ด้วยความเชื่อว่าเขาจะได้เป็นเจ้าของไม้กายสิทธิ์เอลเดอร์ ที่เคยเป็นของดัมเบิลดอร์อย่างสมบูรณ์ ก่อนตาย สเนปมอบความทรงจำแก่แฮร์รี่ ซึ่งแสดงให้เห็นว่าเขาอยู่ฝ่ายดัมเบิลดอร์ ด้วยความรักที่มีต่อลิลี่ แม่ของแฮร์รี่ นอกจากนี้ แฮร์รี่ยังค้นพบว่า วิญญาณส่วนหนึ่งของโวลเดอมอร์อยู่ในตัวของเขาเอง และโวลเดอมอร์ไม่สามารถตายได้หากเขายังมีชีวิตอยู่ แฮร์รี่จึงไปพบกับโวลเดอมอร์และต่อสู้กับคาถาพิฆาตโดยจงใจให้ตนเองถูกคาถาพิฆาตใส่ตาย

แฮร์รี่ตื่นขึ้นมาและพบกับดัมเบิลดอร์ ซึ่งอธิบายว่าเขาไม่สามารถตายโดยที่โวลเดอมอร์ยังอยู่ เพราะโวลเดอมอร์สร้างร่างขึ้นมาจากเลือดของแฮร์รี่ แฮร์รี่เป็นเจ้าของอันชอบธรรมของเครื่องรางยมทูต คาถาพิฆาตได้ทำลายวิญญาณของโวลเดอมอร์ในตัวแฮร์รี่ และแฮร์รี่สามารถเลือกที่จะไปต่อ หรือกลับไปเพื่อสู้กับโวลเดอมอร์อีกครั้ง แฮร์รี่กลับไป และได้สู้กับโวลเดอมอร์อีกครั้งหนึ่ง แฮร์รี่ยังรู้ด้วยว่านายของไม้กายสิทธิ์เอลเดอร์ที่แท้จริงไม่ใช่สเนป แต่เป็นเดรโก มัลฟอย ซึ่งเขาเอาชนะมาได้ ในที่สุดโวลเดอมอร์ก็สิ้นชีพด้วยคำสาปพิฆาตของตัวเองที่สะท้อนกลับ

เรื่องจบลงด้วยฉากในอีก 19 ปีต่อมา แฮร์รี่แต่งงานกับจินนี่ และมีลูกด้วยกัน 3 คน คือ เจมส์, อัลบัส เซเวอรัส, ลิลี่ ส่วนรอนและเฮอร์ไมโอนี่ก็แต่งงานกันมีลูกด้วยกัน 2 คน คือ ฮิวโก้, โรส ทั้งสองครอบครัวพบกันที่สถานีรถไฟขณะไปส่งลูกๆ ไปยังฮอกวอตส์และแฮร์รี่ก็ไม่เคยเจ็บแผลเป็นอีกเลยหลังจากลอร์ดโวลเดอมอร์ตาย