หลังจาก การฟื้นฟูเมจิ โกโตได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาทิ ผู้ว่าการจังหวัด โอซากะ แต่หลังจากนั้นไม่นานใน พ.ศ. 2416 เขาไม่เห็นด้วยกับนโยบายของ รัฐบาลเมจิ ในการยับยั้ง เกาหลี ทำให้ในที่สุดเขากลายเป็นฝ่ายตรงข้ามกับ ฝ่าย โชชู และ ซัตสึมะ ในรัฐบาลใหม่, เขาจับมือกับ อิตางากิ ไทซูเกะ. เขาลงนามในบันทึกความเข้าใจเรียกร้องให้มีการเลือกตั้ง. ใน พ.ศ. 2417, พร้อมกับ อิตางากิ ไทซูเกะ, และ อิโต ชินเป และ โซเอจิมะ ทาเนโอมิ แห่ง แคว้นฮิเซ็น. เขาก่อตั้ง ไอโกกุ โกโต (พรรคประชาชนผู้รักชาติ) การต่อต้านรัฐบาลครั้งนี้สร้างความไม่พอใจให้แก่ชนชั้นซามูไรและขุนนางท้องถิ่น (ส่งภาษีให้ส่วนกลาง) และชาวนา (ไม่พอใจกับราคาข้าวแพงแต่ค่าจ้างต่ำ).

หลังจาก การประชุมโอซากะ 2418 เขากลับเข้าร่วมรัฐบาลโดยเข้าร่วมใน เก็นโรอิง หรือ วุฒิสภา. เขาได้บริหารเหมืองถ่านหินใน คิวชู (เหมืองถ่านหินทากาชิมะ)

ใน พ.ศ. 2424, เข้ากลับเข้าสู่การเมืองด้วยการช่วยอิตางากิก่อตั้ง พรรคเสรีนิยม