โคตาบาโตซิตี (มากินดาเนา: Kuta Wato; เซบัวโน: Dakbayan sa Cotabato; ฟิลิปีโน: Lungsod ng Cotabato) เป็นเมืองอิสระในจังหวัดมากีนดาเนา ประเทศฟิลิปปินส์ มีประชากร 299,438 คนในปี ค.ศ. 2015แม้ว่าโคตาบาโตซิตีจะเป็นศูนย์กลางของเขตปกครองตนเองในมินดาเนามุสลิม แต่ในด้านการปกครอง ถือว่าอยู่ในเขตโซกซาร์เจน เมืองนี้ถือเป็นเมืองอิสระที่ไม่ขึ้นกับจังหวัดมากีนดาเนาซึ่งเป็นที่ตั้งของเมือง แต่ในทางภูมิศาสตร์ เมืองนี้จะถูกรวมอยู่ในจังหวัดด้วย[6] โดยชื่อเมืองมีการใช้คำว่า "ซิตี" ต่อท้าย เพื่อไม่ให้สับสนกับจังหวัดโคตาบาโต