หน้าที่หลักของโครงกระดูกแกนคือช่วยปกป้องอวัยวะสำคัญในร่างกาย เช่น กะโหลกศีรษะทำหน้าที่ปกป้องสมอง กระดูกสันหลังทำหน้าที่ปกป้องไขสันหลัง และกระดูกอกและกระดูกซี่โครงทำหน้าที่ปกป้องอวัยวะในช่องอก สัตว์มีกระดูกสันหลังทุกชนิดจะมีโครงกระดูกแกน บทความนี้ส่วนใหญ่จะเน้นที่โครงกระดูกแกนของมนุษย์ แต่อย่างไรก็ตามความเข้าใจในสายวิวัฒนาการของโครงกระดูกแกนในสัตว์แต่ละชนิดก็มีความสำคัญในการศึกษาชีววิทยา