การดำเนินงานของโครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา แบ่งออกเป็น 2 ประเภท คือ

1 โครงการไม่ใช่ธุรกิจ ที่ได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานราชการต่างๆ รวมทั้งหน่วยงานจากเอกชน ที่สนองพระราชดำริเกี่ยวกับการพัฒนาด้านการเกษตร ควบคู่ไปกับการอนุรักษ์ทรัพยากร ธรรมชาติโครงการไม่ใช่ธุรกิจ ได้แก่ ป่าไม้สาธิต นาข้าวทดลอง การเพาะพันธุ์ปลานิล กังหันลม ระบบผลิตกระแสไฟฟ้าด้วยพลังงานลม บ้านพลังงานแสงอาทิตย์ ระบบสูบน้ำด้วยพลังงานแสงอาทิตย์ ระบบผลิตน้ำเย็นด้วยพลังงานความร้อนจากแกลบ โรงกระดาษสา และการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ

2 โครงการกึ่งธุรกิจ ที่มีกระบวนการแปรรูปวัตถุดิบทางการเกษตร และจำหน่ายผลิตภัณฑ์ในราคาที่ไม่หวังผลกำไรสูงสุด โดยมุ่งส่งเสริมให้ประชาชนบริโภคสินค้าที่ผลิตได้ภายในประเทศ และยังมีการบริหารจัดการเงินอย่างครบวงจร ทั้งนี้รายได้จะนำมาใช้บริหารจัดการภายในโครงการต่อไป

กลุ่มงานของโครงการกึ่งธุรกิจ ได้แก่

• กลุ่มงานเกี่ยวกับการเลี้ยงโคนมและการแปรรูปผลิตภัณฑ์นม ซึ่งศึกษา ค้นคว้า และเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับการเลี้ยงโคนมในประเทศไทย รวมถึงการแปรรูปน้ำนมดิบเป็นผลิตภัณฑ์ประเภทต่าง ๆ เช่น นมพาสเจอร์ไรส์ นมยูเอชที นมผง นมผงอัดเม็ด เนย ไอศกรีม โยเกิร์ต และยังเป็นการส่งเสริมให้ประชาชนบริโภคนมสด และผลิตภัณฑ์ที่ผลิตจากนมสด ซึ่งมีประโยชน์ต่อร่างกาย
• กลุ่มงานเกี่ยวกับเทคโนโลยีทางการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตร ซึ่งมีการศึกษา ค้นคว้า และเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับการแปรรูปผลิตผลทางการเกษตร และการใช้วัสดุเหลือใช้ทางการเกษตรให้เกิดประโยชน์ เช่น โรงสีข้าวตัวอย่างสวนจิตรลดา โรงบดแกลบ โรงน้ำผลไม้พาสเจอร์ไรส์ โรงน้ำผลไม้บรรจุกระป๋อง โรงผลไม้อบแห้ง โรงขนมอบ โรงเพาะเห็ด งานเพาะเลี้ยงสาหร่ายเกลียวทอง โรงปุ๋ยอินทรีย์ โรงหล่อเทียนหลวง โรงน้ำผึ้ง โรงน้ำดื่ม และงานทดลองผลิตภัณฑ์เชื้อเพลิง

โครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา มุ่งเน้นการดำเนินงานโดยยึดแนวพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเกี่ยวกับ “เศรษฐกิจพอเพียง” ซึ่งให้ความสำคัญกับการพัฒนาคุณภาพชีวิตของเกษตรกรอย่างยั่งยืน ให้เกษตรกรสามารถพึ่งตนเองได้ ควบคู่ไปกับการอนุรักษ์ทรัพยากร ธรรมชาติ มีการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการแปรรูปผลผลิตทางการเกษตรภายในประเทศ เพื่อลดการนำเข้าสินค้าจากต่างประเทศ และการนำวัสดุเหลือใช้ทางการเกษตรมาใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด ด้วยกระบวนการผลิตที่ง่าย แต่มีประสิทธิภาพ ประหยัดเวลา และค่าใช้จ่าย โดยดำเนินการภายใต้กระบวนการทางวิทยาศาสตร์ที่มีการศึกษา ทดลอง เก็บรวบรวมข้อมูลและผลการศึกษา เพื่อเผยแพร่องค์ความรู้ให้แก่เกษตรกร และประชาชนผู้สนใจทั่วไป

โครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา เป็นโครงการที่เริ่มดำเนินการจากพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ และดำเนินการต่อมาด้วยรายได้จากการจำหน่ายผลิตภัณฑ์ รวมทั้งจากการทูลเกล้าฯ ถวายเงินสนับสนุน และการน้อมเกล้าฯ ถวายอาคาร เครื่องมือ และคำแนะนะต่าง ๆ จึงเป็นหน่วยงานราชการเพียงหน่วยงานเดียวที่สามารถบริหารจัดการด้านบัญชีและการเงินเอง โดยไม่ได้รับงบประมาณแผ่นดินสนับสนุน แต่ละโรงงานจะรับผิดชอบค่าใช้จ่ายของตัวเอง มีบัญชีเบิกจ่ายแยกกันไปในแต่ละโรงงาน

จากพระราชประสงค์ให้โครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา เป็นโครงการศึกษาทดลอง และเป็นโครงการตัวอย่าง จึงมีพระบรมราชานุญาตให้ผู้ที่สนใจสามารถเข้ามาชมกิจการ รวมทั้งฝึกปฏิบัติงาน เพื่อนำความรู้ไปเป็นแบบอย่างหรือแนวทางในการประกอบอาชีพต่อไป นับตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2504 มีคณะพระราชอาคันตุกะจากประเทศต่างๆ คณะบุคคลสำคัญ ข้าราชการ นักเรียน นิสิต นักศึกษา เกษตรกร รวมทั้งผู้สนใจ ทั้งชาวไทย และชาวต่างประเทศเข้าเยี่ยมชมโครงการส่วนพระองค์ สวนจิตรลดา เป็นจำนวนมาก