เมืองโคเบะมีโรงเรียนระดับประถมศึกษา 169 แห่ง มีโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนต้น 81 แห่ง มีนักเรียนประมาณ 80,200 และ 36,000 คนตามลำดับ[15] สำนักงานเขตโคเบะให้บริการการศึกษาระดับมัธยมปลาย 7 แห่ง และสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาจังหวัดเฮียวโงะรับผิดชอบโรงเรียนมัธยมปลายอีก 18 แห่ง มีนักเรียนทั้งสิ้น 43,400 คน

โคเบะยังมีมหาวิทยาลัยรัฐและเอกชนตั้งอยู่มากมาย โดยมีมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงคือ มหาวิทยาลัยโคเบะ