โคโนซุมีการปกครองรูปแบบนายกเทศมนตรี–สภา โดยมีนายกเทศมนตรีที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรง และมีสภาประเภทสภาเดี่ยวที่มีสมาชิกจำนวน 26 คน นครโคโนซุเป็นเขตเลือกตั้งที่ให้สมาชิกสภาจังหวัดไซตามะจำนวน 2 คน ในแง่ของการเมืองระดับชาติ นครนี้เป็นส่วนหนึ่งของเขตเลือกตั้งที่ 6 ของจังหวัดไซตามะในการเลือกตั้งสภาผู้แทนราษฎรแห่งรัฐสภาญี่ปุ่น