เจ้าหญิงโจวันนาทรงประสูติในกรุงโรม เป็นพระธิดาพระองค์ที่ 3 ในพระเจ้าวิคเตอร์ เอ็มมานูเอลที่ 3 แห่งอิตาลีกับสมเด็จพระราชินีเอเลนาแห่งอิตาลี เดิมเป็นเจ้าหญิงแห่งมอนเตเนโกร พระนางทรงเจริญพระชันษาในวิลลา ซาวอยและตั้งแต่พระชันษายังน้อยทรงได้ตระหนักถึงจุดมุ่งหมายในชีวิตของตน ที่จะสนับสนุนให้ราชวงศ์ซาวอยมีอำนาจขึ้นมาจากการอภิเษกสมรส ในโอกาสพิธีศีลจุ่มเข้ารีตคาทอลิกและมีพระนามว่า โจวันนา เอลิซาเบธตา แอนโตเนีย โรมานา มาเรีย พระนางมีพระเชษฐภคินี 2 พระองค์ได้แก่ เจ้าหญิงโยลันดาแห่งซาวอยและเจ้าหญิงมาเฟลดาแห่งซาวอย พระเชษฐา 1 พระองค์คือ สมเด็จพระเจ้าอุมแบร์โตที่ 2 แห่งอิตาลีและพระขนิษฐา 1 พระองค์คือ เจ้าหญิงมาเรีย ฟรานเชสกาแห่งซาวอย