โซนิคเดอะเฮดจ์ฮ็อก (ตัวละคร) เม่นสีฟ้า สิ่งมีชีวิตจากต่างดาวที่สามารถวิ่งได้ด้วยความเร็วเหนือเสียง พบว่าตัวเองกำลังถูกตามล่าโดยเผ่าอีคิดน่าเพื่อจะนำพลังมาใช้ นกฮูกผู้พิทักษ์ของเขา แม่เล็บยาว ได้ให้ถุงแหวนที่สามารถสร้างประตูมิติไปยังดาวอื่นได้ ก่อนจะใช้แหวนหนึ่งวงส่งเขาไปที่โลก ระหว่างที่เธอปกป้องเขาจากเผ่าอีคิดน่า สิบปีต่อมา โซนิคสนุกสนานกับชีวิตลับ ๆ อยู่ใกล้เมืองกรีนฮิลล์ รัฐมอนทาน่า แต่ไม่กล้ามีเพื่อนมาก่อน เขามีบุคคลต้นแบบ คือ นายอำเภอหนุ่มในท้องถิ่น ทอม วาเคาว์สกี้ และภรรยาสัตวแพทย์ของเขา แมดดี้ โดยที่ไม่รู้เลยว่าทั้งคู่กำลังวางแผนจะย้ายไปใช้ชีวิตที่ซานฟรานซิสโกในอีกไม่ช้า เพราะทอมได้ถูกว่าจ้างโดยกรมตำรวจของซานฟรานซิสโก

คืนหนึ่ง โซนิคใจสลายเมื่อรู้ว่าตัวเองอยู่โดดเดียว หลังเล่นเบสบอลกับตัวเอง จนวิ่งวนสนามด้วยความเร็วเหนือเสียง ซึ่งผลที่ตามมาทำให้เกิดระเบิดแม่เหล็กไฟฟ้าที่ทำให้ไฟดับทั้งแถบภูมิภาคทางตะวันออกเฉียงเหนือ นักหุ่นยนต์และนักวิทยาศาสตร์ผู้ชาญฉลาด ด็อกเตอร์ โรบอทนิกส์ถูกรับเลือกให้ทำหน้าที่โดยกระทรวงกลาโหมสหรัฐในการออกค้นหาต้นตอที่ทำให้ไฟดับ จนเขาค้นพบและสามารถแกะรอยโซนิค ที่หลบหนีจากเหล่ากองทัพเข้าไปในโรงรถของบ้านวาเคาว์สกี้ ทอมค้นพบโซนิค และเผลอยิงปืนยาสลบใส่ ทำให้โซนิคเปิดประตูแหวนไปยังซานฟรานซิสโก และทำแหวนร่วงลงไปตอนที่หมดสติ โซนิคขอร้องให้ทอมช่วยเหลือ ทอมยอมรับอย่างไม่เต็มใจ แต่ไม่นานโรบอทนิกส์ก็เดินทางมาถึงบ้าน และทั้งสองก็รีบหลบหนีออกมา ทำให้ทอมถูกตราหน้าว่าเป็นผู้ก่อการร้ายระดับชาติ ทั้งคู่เริ่มผูกพันกัน พร้อมทั้งทอมยังได้เรียนรู้ความปรารถนาของโซนิคที่ต้องการเพื่อนแท้สักคนก่อนจะจากโลกนี้ไปยังดาวเห็ดที๋โซนิคเกลียด แต่จำใจหลบหนีเพื่อความปลอดภัยแก่คนรอบ ๆ ตัว

โรบอทนิกส์ที่ได้ขนของโซนิคมาหนึ่งเส้น ค้นพบพลังที่สามารถใช้เป็นพลังงานหุ่นยนต์ และกลายเป็นหมกมุ่นอยู่กับการตามจับโซนิค ซึ่งระหว่างที่กำลังติดตาม ทอมบอกกับโซนิค ถึงการวางแผนที่จะจากกรีนฮิลล์ไป ทำให้โซนิคไม่เห็นด้วย ทั้งคู่มีปากเสียงกันได้ไม่นาน โซนิคก็เผลอปล่อยพลังออกมาจนสามารถจัดการกับหุ่นยนต์ที่ถูกส่งมาตามล่าเขาได้ แต่ก็ถูกเล่นงานจนบาดเจ็บและหมดสติไป ทอมเดินทางมาถึงซานฟรานซิสโก และพาโซนิคมาให้แมดดี้ช่วยเหลือ โดยที่มีเรเชล พี่สาวของเธอตามก่อกวน ทอมจึงอธิบายเรื่องทุกอย่างให้แมดดี้เข้าใจในที่สุด ในขณะที่โซนิคได้รับรองเท้าคู่ใหม่จาก โจโจ้ หลานของแมดดี้และลูกสาวของเรเชล ทั้งสามจึงออกเดินทางไปที่ดาดฟ้าของตึกทรานส์อเมริกา พิรามิด ที่ ๆ โซนิคทำแหวนตกลงมา แต่เมื่อเก็บกู้ได้ โรบอทนิกส์ก็โจมตีผ่านยานบิน ทำให้โซนิคต้องใช้แหวนส่งทอม กับแมดดี้กลับไปที่กรีนฮิลล์

โซนิคหนีจากโรบอทนิกส์ ที่ใช้พลังจากขนของโซนิคไล่ตามอย่างสูสี ทั้งคู่ไล่ล่ากันไปทั่วโลก จนถึงกรีนฮิลล์ที่โซนิคที่ถูกทำร้ายจนหมดสภาพ แต่ทอมเข้ามาขัดขวางแผนการที่จะจับโซนิค และยอมรับโซนิคเป็นเพื่อนแท้ โซนิคจึงปล่อยพลังและดึงพลังจากขนของตัวเองด็อกเตอร์โรบอทนิกส์และเอาชนะโดยการส่งไปดาวเห็ดได้สำเร็จ หลังจากนั้น ทอมและแมดดี้ก็เข้าใจถึงความหมายของบ้านจึงอยู่ที่กรีนฮิลล์และรับเลี้ยงโซนิคเป็นเหมือนลูกบุญธรรม ในขณะที่รัฐบาลสหรัฐลบข้อมูลทุกอย่างที่เกี่ยวข้องรวมถึงการมีอยู่ของโรบอทนิกส์ แต่ที่ดาวเห็ด โรบอทนิกส์ยังคงหลงไหลในขนของโซนิคจนเสียสติ และวางแผนที่จะแก้แค้นทุกคนที่ทำให้เขาเป็นแบบนี้ ในขณะเดียวกัน เทลส์ จิ้งจอกสองหางจากดาวของโซนิค ได้ใช้เครื่องแกะรอยและใช้แหวนเดินทางตามมาจนถึงที่ ๆ โซนิคอยู่ที่โลก ในกรีนฮิลล์ ก่อนที่จะบินลงไปที่เมืองเพื่อตามหาโซนิค โดยหวังว่าจะไม่สายเกินไป