ด้วยความช่วยเหลือของสิ่งมีชีวิตปริศนานามว่า อินฟินิต, ด็อกเตอร์เอ็กซ์แมนจึงได้ยึดครองส่วนสำคัญของโลกได้สำเร็จ, พร้อมกับรวมรวมกองกำลังเหล่าร้ายในอดีตภายใต้คำบัญชา ซึ่งรวมถึง ชาโดว์ เดอะ เฮดจ์ฮ็อก, เมทัล โซนิค, เคออส และ ซาวอก เพื่อปะทะกับกองกำลังของเอ็กซ์แมน, นัคเคิล เดอะ เอคิดน่า จึงได้ก่อตั้งกองกำลังทหารฝ่ายต่อต้านขึ้น เพื่อรวบรวมเหล่าผองเพื่อนและ ช่วยเหลือฝ่ายกบฏที่ได้รับผลกระทบจากการครอบครอง, เมื่อตัวเขาในอดีตจากมิติอื่น และ สมาชิกฝ่ายต่อต้านน้องใหม่ปรากฏเพื่อช่วยเหลือ โซนิคจะต้องร่วมมือกับเพื่อนหาทางหยุดยั้งด็อกเตอร์เอ็กซ์แมนให้ได้ ก่อนที่โลกจะถูกยึดครองอย่างสมบูรณ์