ในเกมโซนิคฮีโร่ส์ ผู้เล่นจะต้องเลือก 1 ใน 4 ทีมเป็นตัวเล่น ซึ่งทั้ง 4 ทีมจะประกอบด้วยตัวละคร 3 ประเภท (ซึ่งถูกแบ่งในเกมนี้เป็นครั้งแรกและจะถูกใช้ต่อไปอีกในเกมหลังๆ) ได้แก่ ความเร็ว (Speed สีฟ้า), บิน (Fly สีส้ม) และ พลัง (Power สีแดง) โดยพื้นฐานแล้วตัวละครส่วนมากจะมีลักษณะและความสามารถที่คล้ายๆกันยกเว้นแต่รายละเอียดปลีกย่อยของแต่ละทีม รวมถึงท่าไม้ต้ายที่เรียกว่า ทีมบลาสท์ [1]

ความสามารถพื้นฐาน

ความเร็ว

• โฮมมิ่งแอ็กแท็ค - ความสามารถนี้ตัวละครจะพุ่งเข้าไปยังเป้าหมายที่เป็นศัตรู, ลัง, กล่องไอเท็ม หรือสปริง นอกจากนั้นยังใช้ในการเดินทางเป็นบางกรณี
• สร้างพายุ - สามารถพัดโล่ของฝ่ายตรงข้ามและใช้หมุนตัวบนเสา โซนิคกับชาโดว์จะพุ่งตัวไปที่ศัตรูและหมุนเป็นวงกลม ขณะที่เอมี่จะหมุนค้อนและยิงพายุออกไป เอสปิโอนอกจากจะสร้างพายุะแล้วยังทำให้เขาล่องหนเพื่อไม่ให้ศัตรูมองเห็นด้วย
• ไลท์/ดาร์คแดช - ความสามารถของโซนิคกับชาโดว์ ทำให้พวกเขาสามารถวิ่งไปตามทางแหวนได้
• พุ่ง - ใช้ในการพุ่งไปข้างหน้า
• กระโดดเกาะกำแพง - ทำได้ทุกคนยกเว้นเอมี่ ตัวละครสามารถเกาะกำแพงและกระโดดไปอีกฝั่งได้ โซนิคกับชาโดว์มีเวลาเกาะเล็กน้อยในขณะที่เอสปิโอสามารถเกาะได้นานเท่าที่ต้องการ

บิน

• บิน - ตัวละครจะทำการบินเกจบินจะปรากฏอยู่ด้านล่างของหน้าของตัวละคร เมื่อหมดตัวละครจะตกลงมา
• ธันเดอร์ชู๊ต - ตัวละครบินจะทำการยิงตัวละครอีกสองตัวที่เหลือไปยังศัตรู ความสามารถนี้ใช้ได้ผลดีกับศัตรูที่บินอยู่ รวมทั้งทำให้ศัตรูชะงักได้ด้วย
• แหวนระเบิดปลอม - เทลส์กับรู้จจะโยนแหวนระเบิดปลอม 3 วง
• โจมตี - ชาร์มมี่จะใช้เหล็กไนแทง ขณะที่ครีมจะใช้ชีส

พลัง

• โจมตี - สร้างคอมโบโจมตีศัตรู
• พาวเวอร์ดังค์ - เป็นการยิงคนในทีมลงมาบนพื้น
• ทุบ - ตัวละครจะทำการทุบตัวลงไปด้านล่าง
• ลอยตัว - ใช้ในการลอยตัวเมื่อเจอใบพัด (นัคเคิลส์, โอเมก้า - ไทรแองเกิลไดฟว์, บิ๊ก - ใช้ร่ม, เวกเตอร์ - เป่าฟองลอยตัว) ใช้เมื่อเจอพัดลม

เลเวล

ตัวละครทุกตัวลจะมีเลเวลได้ 3 เลเวลซึ่งจะกลับเป็น 0 เมื่อตาย เลเวลเพิ่มขึ้นได้ 5 ทางคือ ผ่านจุดเซฟ (ผู้นำทีมจะได้เลเวล), นำรถลากไปถึงจุดหมายภายในเวลาที่กำหนด (ผู้นำทีมจะได้เลเวล), เก็บลูกบอลเลเวลจากศัตรู (ได้เลเวลตามสี), เก็บกล่องไอเท็มเลเวล (ได้เลเวลตามสี) และใช้ทีมบลาท์ของทีมโรส (ได้เลเวลทุกคน) เลเวลที่สูงขึ้นมีผลทำให้การโจมตีแรงขึ้น รวมถึงมีท่วงท่าเพิ่มขึ้น