เคาน์เตสโซฟี ประสูติเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2411 ณ เมืองสตุทการ์ต โบฮีเมีย (ปัจจุบันเป็นรัฐหนึ่งของสาธารณรัฐเช็ก) ทรงเป็นธิดาในเค้านท์โบฮัสลอว์ โซเทิคแห่งช๊อทโคว่า และ วอกนิน และ เคาน์เตสวิลเฮล์มมีน คินสกี้ แห่งวชินิตซ์และเท็ตทอว์ ประสูติมาในครอบครัวที่ชนชั้นสูงและมีชื่อเสียงในโบฮีเมีย แต่ไม่ได้มีเชื้อพระวงศ์เลยแม้แต่น้อย แต่ถ้านับถอยหลังไปถึงรุ่นก่อนๆของบรรพบุรุษของพระนาง จะพบว่า บรรพบุรุษของฝ่ายหญิงหรือทางมารดาของพระนามนั้น ได้สืบเชื้อสายมาจากเจ้าหญิงแห่งบาเดิน, โฮเอินท์ซ็อลเลิร์น-เฮ็คคิงเงิน และลิกเตนสไตน์ แต่สมัยนั้น เขาจะนับดูถอยหลังของบรรพุรุษของฝ่ายชายมากกว่า ซึ่งเป็นต้นราชสกุลนี้ ดังนั้น ถ้าเปรียบเทียบระหว่างครอบครัวของพระนางกับชนชั้นสูง ครอบครัวโซเทิคนี้ จะเป็นเหมือนแค่ประชาชนธรรมดาๆเท่านั้น

เมื่อพระนางเจริญพระชันษา พระนางได้เข้าไปทำงานในราชสำนักออสเตรีย โดยทรงเป็นนางกำนัลข้าหลวง ทำงานถวายรับใช้อาร์ชดัชเชสอิสซาเบลล่า ซึ่งเป็นพระชายาในอาร์ชดยุกฟรีดริชแห่งออสเตรีย ดยุกแห่งเทเชิน ในพระตำหนักส่วนพระองค์ที่เมืองเพรสบูร์ก (ปัจจุบันคือกรุงบราติสลาวา) ซึ่งสถานที่นั้น เป็นที่ซึ่งพระนางได้พบกับพระนัดดาของอาร์ชดัชเชสอิสซาเบลล่า ซึ่งก็คืออาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ นั่นเอง