โซเค็นไดก่อตั้งเมื่อ ปี พ.ศ. 2531 เริ่มแรกใช้พื้นที่ของสถาบันเทคโนโลยีแห่งโตเกียวในวิทยาเขตนะกะซึดะ เขตมิโดริ จังหวัดโยโกฮามะเป็นสถานที่ตั้งของสำนักงาน จนถึงในปี พ.ศ. 2537 ได้ก่อตั้งสำนักงานกลางของมหาวิทยาลัยขึ้นที่ เมืองฮะยะมะ จังหวัดคะนะกะวะ และ ถูกใช้เป็นศูนย์กลางเพื่อบริหารงานมหาวิทยาลัยจนถึงปัจจุบัน (แผนที่)