ในปี ค.ศ. 1651 เมื่อโชกุนอิเอะมิสึบิดาเสียชีวิต กลุ่มโรนินนำโดยมะรุบะชิ ชูยะ (ญี่ปุ่น: 丸橋忠弥 โรมาจิ: Marubashi Chūya) บุตรชายของอดีตไดเมียวแห่งเกาะชิโกะกุ และยุอิ โชเซะสึ (ญี่ปุ่น: 由井正雪 โรมาจิ: Yui Shōsetsu) ผู้คลั่งไคล้โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ ได้วางแผนก่อการกบฏต่อเอะโดะบะกุฟุ โดยการเผาเมืองเอะโดะ รวมทั้งก่อการยึดอำนาจที่เมืองเกียวโตและโอซะกะ แต่กลับถูกบะกุฟุจับได้เสียก่อน ยุอิ โชเซะสึ กระทำการเซ็ปปุกุหนีความผิด และมะรุบะชิ ชูยะถูกตัดสินประหารชีวิต เรียกว่า เหตุการณ์ปีเคอัง (ญี่ปุ่น: 慶安事件 โรมาจิ: Keian jiken)

ในค.ศ. 1669 เกิดกบฏของชาวเอโซะ (ชาวไอนุ) ในแคว้นมะซึมะเอะบนเกาะฮอกไกโด นำโดยซัคเซย์น (Saksaynu) หรือชาคุเชน (Shakushain)