ในค.ศ. 1600 ฮิเดะตะดะจับศึกครั้งแรกในสงครามคราวเซะกิงะฮะระ (Sekigahara-no-tatakai, 関ヶ原の戦い) โดยฮิเดะตะดะยกทัพไปตามเส้นทางนะกะเซ็น (Nakasen-dō, 中山道) คือเส้นทางบนภูเขากลางเกาะฮอนชูเพื่อไปสมทบกับทัพของอิเอะยะสุผู้เป็นบิดาที่โอซะกะ แต่ทัพของฮิเดะตะดะได้ถูกตระกูลซะนะดะ (Sanada, 真田) ขัดขวางทำให้ไปช่วยบิดาที่เซะกิงะฮะระไม่ทันเวลา สร้างความไม่พอใจแก่อิเอะยะสุผู้เป็นบิดาอย่างมาก

ยุทธการเซะกิงะฮะระทำให้อิเอะยะสุมีอำนาจเหนือญี่ปุ่นอย่างเบ็ดเสร็จ ในค.ศ. 1603 อิเอะยะสุได้รับการแต่งตั้งจากราชสำนักเคียวโตะให้เป็น เซอิไทโชกุน (Seii Taishōgun, 征夷大将軍) ในปีเดียวกันนั้นเองอิเอะยะสุได้ส่งหลานสาวของตน หรือบุตรสาวคนโตสุดของฮิเดะตะดะ คือ ท่านหญิงเซ็น (Sen-hime, 千姫) ไปแต่งงานกับโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะริ (Toyotomi Hideyori, 豊臣秀頼) บุตรชายของโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ ที่ปราสาทโอซะกะ สองปีต่อมาในค.ศ. 1605 โชกุนอิเอะยะสุได้สละตำแหน่งให้แก่ฮิเดะตะดะ ฮิเดะตะดะจึงได้สืบทอดเป็นโชกุนคนที่สองของระบอบโชกุนโทะกุงะวะ แต่อำนาจการปกครองทั้งหมดยังคงอยู่ที่อิเอะยะสุซึ่งดำรงตำแหน่ง โอโงโช (Ogōshō, 大御所) ผลงานของโชกุนฮิเดะตะดะในช่วงนี้คือ การประกาศขับไล่มิชชันนารีโปรตุเกส และการปราบปรามชาวคริสเตียนในค.ศ. 1612 และค.ศ. 1614

ในค.ศ. 1614 เกิดข่าวลือว่าโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะริ และมารดาของตนคือ นางโยะโดะ โดะโนะ (淀殿, Yodo-dono พี่สาวของนางโก) ได้วางแผนซ่องสุมกำลังคนเพื่อที่จะฟื้นฟูตระกูลโทะโยะโตะมิให้กลับมาปกครองญี่ปุ่นอีกครั้ง ในค.ศ. 1615 โชกุนฮิเดะตะดะ ร่วมกับโอโงโชอิเอะยะสุ ยกทัพขนาดมหึมาไปทำการล้อมปราสาทโอซะกะ ในฤดูใบไม้ร่วงและฤดูหนาว จนกระทั่งฝ่ายโทะโยะโตะมิพ่ายแพ้ ฮิเดะโยะริกระทำการเซ็ปปุกุและเสียชีวิตไปพร้อมกับมารดาเมื่อปราสาทโอซะกะถูกเผาพลาญ โดยท่านหญิงเซ็นภรรยาของฮิเดะโยะริได้รับการช่วยเหลือออกมาก่อน

ในค.ศ. 1615 โชกุนฮิเดะตะดะได้ออกกฎหมายซะมุไร คือ บุเกะ ชุฮัตโตะ (Buke-Shuhatto, 武家諸法度) ออกมาเป็นฉบับแรกในสมัยเอะโดะ ในค.ศ. 1616 โอโงโชอิเอะยะสุถึงแก่อสัญกรรม โชกุนฮิเดะตะดะจึงมีอำนาจอย่างสมบูรณ์ โดยดำเนินนโยบายตรงข้ามกับบิดาของตน คือ การกีดกันการค้าขายของชาวตะวันตก[1] โดยกำจัดการค้าขายกับจีนไว้ที่เมืองท่านะงะซะกิเท่านั้น และชาวฮอลันดาและอังกฤษที่เมืองท่าฮิระโดะ จนกระทั่งอังกฤษได้ล้มเลิกการค้าขายกับญี่ปุ่นไปในค.ศ. 1623 และในค.ศ. 1622 ได้ประหารชาวคริสเตียนจำนวนมากที่เมืองนะงะซะกิ ในค.ศ. 1620 โชกุนฮิเดะตะดะได้ส่งบุตรสาวของตนคือ มะซะโกะ (Masako, 和子) ไปเป็นพระสนมในพระจักรพรรดิโก-มิซุโน (Go-Mizunoo, 後水尾) ซึ่งต่อมาในภายหลังได้ประสูติพระจักรพรรดินีเมโช (Meishō, 明正)