ชื่อเมืองโทมาโกไมมาจากภาษาไอนุ โทะแปลว่าหนองน้ำ มะโคะไมแปลว่าแม่น้ำที่ลึกเข้าไปในภูเขา[1][2]

• ค.ศ. 1873 มีการก่อตั้งหมู่บ้านที่โทมาโกไม
• ค.ศ. 1918 หมู่บ้านยกระดับขึ้นเป็นหัวเมือง
• ค.ศ. 1948 หัวเมืองยกระดับขึ้นเป็นเมือง
• ค.ศ. 2018 เมืองโทมาโกไมเป็นเมืองที่อยู่ใกล้ศูนย์กลางของแผ่นดินไหวในฮกไกโดอิบูริตะวันออก พ.ศ. 2561 ที่สุด