นักบุญโธมัสปรากฏสองสามครั้งในพระวรสารนักบุญยอห์น11:16 หลังจากนักบุญลาซารัสเพิ่งเสียชีวิต สาวกหลายคนของพระเยซูไม่เห็นด้วยกับการที่จะทรงเดินทางกลับไปยูเดียซึ่งเป็นที่ที่โดนชนยิวโจมตีโดยการปาก้อนหิน แต่พระองค์ยังทรงต้องการเสด็จไป นักบุญโธมัสจึงกล่าวด้วยความกล้าหาญว่า “เราไปด้วยกันเถอะ และเราอาจจะตายกับพระองค์”[2]

นอกจากนั้นนักบุญโธมัสยังพูดในโอกาส พระกระยาหารค่ำมื้อสุดท้าย ยอห์น 14:5 เมื่อพระเยซูทรงย้ำว่าทรงทราบว่าจะเสด็จไปไหนแต่นักบุญโธมัสประท้วงว่าไม่มีใครทราบจุดหมาย พระเยซูทรงตอบนักบุญโธมัสและนักบุญฟีลิปอัครทูตที่ถามถึงความสัมพันธ์ของพระเยซูและพระเจ้าผู้เป็นพระบิดา

แต่ฉากที่สำคัญที่สุดของนักบุญโธมัสเป็นฉากในพันธสัญญาใหม่ ยอห์น 20:24-29 ที่นักบุญโธมัสมีความสงสัยในการคืนพระชนม์ของพระเยซูและขอพิสูจน์โดยการสัมผัสรอยแผลของพระองค์ก่อนที่จะยอมเชื่อที่เห็นได้จากภาพวาด “ความสงสัยของนักบุญโธมัส” โดย คาราวัจโจ เรื่องนี้เป็นที่มาของวลี “ทอมัสขี้สงสัย” (Doubting Thomas) หลังจากที่เห็นว่าพระเยซูฟื้นขึ้นมาจริง (พระคัมภีร์ไบเบิลมิได้ระบุว่านักบุญทอมัสแตะแผลพระเยซู) นักบุญโธมัสก็อุทานว่า “My Lord and my God” และถูกเรียกว่า “โธมัสผู้มีความเชื่อ”[3]