โบสถ์นักบุญโปร์ฟีริออสมีแปลนรูปสี่เหลี่ยม ปลายเป็นหลังคาครึ่งโดม[19] มีทางเท้าขนาด 1.8 เมตร (5.9 ฟุต)* ใต้ระดับพื้นทางใต้ของโบสถ์ และอีก 3 เมตร (9.8 ฟุต)* ใต้ระดับพื้นทางเหนือของโบสถ์ ทำให้มีข้อเสนอว่าโบสถ์หลังปัจจุบันสร้างขึ้นทับโบสถ์หลังเดิมที่มีอยู่มาก่อนหน้า[4] โบสถ์ประกอบด้วยทางเดินทางเดียว ขนาดภายในของโสถ์อยู่ที่ ยาว 22.9 เมตร (75 ฟุต)* กว้าง 8.9 เมตร (29 ฟุต)* ลักษณะทางสถาปัตยกรรมและการก่อสร้างมีความคล้ายกันกับอาสนวิหารนักบุญยอห์นผู้ให้บัปติศมา (คือมัสยิดใหญ่กาซาในปัจจุบัน)[4]

โบสถ์มีสามทางเข้า ทางแรกเป็นพอร์ทีโค ที่มีเสาหินอ่อนสามเสารองรับส่วนโค้งสองยอด[19] ฐานของเสาหินอ่อนมีอายุมาจากสมัยครูเสด[20] ส่วนอีกทางเชื่อมกับส่วนของอาคารที่ใหม่กว่า มีบันไดติดอยู่สำหรับเดินไประดับทางเท้า[5]