ในฤดูกาลนี้ ฝ่ายจัดการแข่งขัน ได้มีการปรับระเบียบการแข่งขัน โดยทีมที่ตกชั้นจาก โปรลีก 1 2548 ต้องไปร่วมแข่งขันรอบคัดเลือกระดับภาคด้วย[1] ขณะเดียวกัน ฤดูกาลนี้จะเป็นฤดูกาลสุดท้ายที่จะจัดการแข่งขัน โปรลีก 2 เนื่องเพราะได้มีการรวมลีก ระหว่าง ไทยลีก และ โปรลีก โดยที่ทีมจังหวัดชนะเลิศและรองชนะเลิศการแข่งขันในฤดูกาลนี้ จะได้สิทธิ์เลื่อนชั้น ไปทำการแข่งขัน ดิวิชั่น 1 2550 โดยอัตโนมัติ[2] โดยในปีนี้ฝ่ายจัดการแข่งขันฯ ได้มอบหมายให้ จังหวัดสงขลา รับเป็นเจ้าภาพ โดยกำหนดสนามไว้สองสนามคือ สนามกีฬาติณสูลานนท์ และ สนามกีฬากลางมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตหาดใหญ่ เป็นสนามหลัก