ในฤดูกาลนี้ ฝ่ายจัดการแข่งขันได้มีมติที่จะทำการเปลื่ยนชื่อการแข่งขันเป็น โปรเฟสชั่นแนลลีก พร้อมกับได้ประกาศควบรวมลีก รวมเข้ากับ ไทยลีก โดยเชิญสโมสรสมาชิกของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เข้าร่วมแข่งขัน โดยที่ทีมชนะเลิศและรองชนะเลิศจะได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปแข่งขัน ไทยลีก 2550 ส่วนทีมอันดับที่ 3 รองลงมา ถึงอันดับที่ 14 จะได้สิทธิ์เข้าแข่งขันใน ไทยลีกดิวิชั่น 1 2550 พร้อมกับทีมที่เลื่อนชั้นขึ้นมาจาก โปรลีก 2 2549 และทีมตกชั้นจะได้สิทธิ์เข้าแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 2 2550[1] โดยทีมชนะเลิศจะได้เงินรางวัล 10,000,000 บาท