นิกายโปรเตสแตนต์มีกำเนิดมาจากความคิดเห็นที่แตกแยกกันในเรื่องความเชื่อและการใช้ชีวิตของคริสตชน โดยคำว่า "โปรเตสแตนต์" (Protestant) แปลว่า "ผู้ประท้วง" หรือ "ผู้คัดค้าน" แยกตัวออกมาจากคริสตจักรโรมันคาทอลิกในปี ค.ศ. 1529 โดย มาร์ติน ลูเทอร์ และผู้สนับสนุน ในช่วงที่คริสตจักรคาทอลิกเกิดปัญหาขึ้นมากมาย

มาร์ติน ลูเทอร์ (10 พฤศจิกายน ค.ศ. 1483-1546) เกิดที่เมืองไอสเลเบน รัฐซัคเซิน ประเทศเยอรมนี บิดามารดาเป็นคนยากจนและไม่ได้รับศึกษา เมื่อเติบโตขึ้นก็ไม่มีเงินจะให้ลูเทอร์เข้าโรงเรียน ลูเทอร์ต้องเที่ยวร้องเพลงขอทานตามบ้านต่าง ๆ เพื่อหาเงินมาจ่ายค่าเล่าเรียนในโรงเรียน เผอิญมีหญิงมั่งคั่งคนหนึ่งเกิดความเมตตาได้ช่วยเหลือให้เข้ามหาวิทยาลัยเมื่อ ค.ศ. 1500

ลูเทอร์ได้ศึกษาเทววิทยา วรรณคดี ดนตรี และที่เอาใจใส่มากที่สุดคือกฎหมาย บิดาของลูเทอร์ก็ปรารถนาให้ลูเทอร์เป็นนักกฎหมาย แต่เมื่ออายุ 22 ปีเกิดเหตุการณ์หนึ่งคือเพื่อนของลูเทอร์ถูกฆ่าตายในระหว่างดวลต่อสู้กับบุคคลหนึ่ง ทำให้ลูเทอร์กลายเป็นคนกลัวผี ขี้ขลาด ต่อมาอีก 2-3 วันลูเทอร์จะเข้าประตูมหาวิทยาลัย ก็เกิดฝนตกฟ้าร้อง ฟ้าผ่ามาใกล้ ๆ ลูเทอร์ได้อธิษฐานว่า ถ้ารอดพ้นไปได้จะบวชเป็นพระ

ต่อมาในไม่ช้าในวันที่ 17 มกราคม ค.ศ. 1505 ลูเทอร์ก็เข้าไปอยู่ในอารามคณะออกัสติเนียนในมหาวิทยาลัยวิทเทนแบร์ก ตั้งหน้าศึกษาคัมภีร์ไบเบิลอย่างเอาใจใส่ เป็นคนเฉลียวฉลาด พูดเก่ง จนในที่สุดก็ได้เป็นอาจารย์ในมหาวิทยาลัยนั้น

ในปี ค.ศ. 1511 ขณะที่ใช้ชีวิตอยู่ในอาราม ลูเทอร์ได้มีโอกาสไปแสวงบุญที่โรม และได้พบเห็นชีวิตของพระสันตะปาปาโอ่โถงหรูหราจนเกือบไม่มีกษัตริย์องค์ใดสู้ได้ และเห็นว่านักบวชไม่ควรดำเนินชีวิตอย่างนั้น

จนในปี ค.ศ. 1515 สมเด็จพระสันตะปาปาลีโอที่ 10 อยากจะสร้างโบสถ์ให้งดงามสมตำแหน่งจึงได้ตั้งบัญญัติใหม่ว่า ถึงแม้จะทำความผิดเป็นอุกฉกรรจ์มหันตโทษเพียงไร ก็สามารถล้างบาปได้โดยซื้อใบยกโทษบาป และบรรดานายธนาคารทั้งหลายในประเทศต่าง ๆ ก็ตกลงเป็นเอเยนต์รับฝากเงินที่คนทั้งหลายจะชำระล้างบาปโดยไม่ต้องส่งไปกรุงโรมลูเทอร์ได้เริ่มวิพากษ์วิจารณ์ และเรียกประชุมผู้รู้ทั้งหลายมาปรึกษา โต้เถียงกับบัญญัติใหม่

จนเดือนตุลาคม ค.ศ. 1517 ลูเทอร์ได้นำประกาศที่เรียกว่า ”ญัตติ 95 เรื่อง” (The 95 Theses) ไปปิดไว้ที่ประตู้หน้าโบสถ์เมืองวิทเทนแบร์ก ซึ่งมีเนื้อหาประณามการขายใบไถ่บาปของสมเด็จพระสันตะปาปา และการกระทำที่เหลวแหลกอื่น ๆ ความคิดของลูเทอร์ได้รับการสนับสนุนจากมหาชนเยอรมันเป็นจำนวนมาก แล้วแพร่หลายออกไปทั่วทวีปยุโรป

การเคลื่อนไหวดังกล่าวทำให้สมเด็จพระสันตะปาปาและฝ่ายมุขนายกไม่พอใจ ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1520 ลูเทอร์ได้รับหมายขับออกจากศาสนจักร (Excommunication) ทำให้ลูเทอร์ต้องออกจากเขตปกครองของจักรพรรดิ ไปหลบที่วอร์มส์พร้อมกับผู้ติดตามอีกจำนวนหนึ่ง ที่นั่นท่านได้แปลพันธสัญญาใหม่เป็นภาษาเยอรมัน และได้เขียนงานเกี่ยวกับพิธีกรรมต่าง ๆ ซึ่งมีทั้งมิสซาและพิธีศักดิ์สิทธิ์ (Sacraments) ซึ่งลูเทอร์ตั้งใจที่จะให้ชาวบ้านซึ่งไม่เข้าใจภาษาละติน สามารถเข้าถึงหลักคำสอนและมีส่วนร่วมในพิธีกรรมต่าง ๆ ได้