องค์กรที่ใหญ่ที่สุดคือ สภาคริสตจักรในประเทศไทย (CCT) ก่อตั้งในปี ค.ศ. 1934 โดยการรวมกลุ่มต่างๆของโปรเตสแตนต์เข้าด้วยกัน โดยรวมถึง คณะเพรสไบทีเรียนอเมริกัน ลูเทอแรน จากเยอรมัน มาเบอร์เกอร์ มิชชั่น และกลุ่มอื่นๆ ตั้งเป้าหมายเป็น คณะโปรเตสแตนต์ที่ใหญ่ที่สุดในประเทศไทย ซึ่งรวม ชาวไทย,จีน,เกาหลี และกลุ่มชนที่ใช้ภาษาอังกฤษ สภาคริสตจักรในประเทศไทย เป็นสมาชิกของ สภาคริสตจักรโลก ซึ่งมีสมาชิกในกว่า 150 ประเทศ โดยมีกลุ่มอื่น ๆ เช่น กลุ่มคณะแบปทิสต์ กลุ่มเซเว่นเดย์แอดเวนทิสต์

นอกจาก สภาคริสตจักรในประเทศไทย มีองค์การโปรเตสแตนต์ในประเทศไทยที่ได้รับการรับร้องจากรัฐบาลได้แก่ สหกิจคริสเตียนแห่งประเทศไทย และ สหคริสตจักรแบ๊บติสต์ในประเทศไทย