โปเกมอนฉบับอนิเมะรวมถึงภาพยนตร์ดำเนินเนื้อเรื่องโดยแยกออกจากการผจญภัยต่าง ๆ ในวิดีโอเกม (ยกเว้นภาคเยลโล่ว์ ที่ดำเนินเรื่องตามเนื้อเรื่องอนิเมะ) โปเกมอนฉบับอนิเมะเป็นเรื่องราวภารกิจอันยิ่งใหญ่ของตัวละครหลัก "ซาโตชิ" หรือ "แอช แคทชัม" (Ash Ketchum) เพื่อจะเป็นโปเกมอนมาสเตอร์ในเรื่องการฝึกโปเกมอน เขาและเพื่อนกลุ่มเล็ก ๆ เดินทางตามโลกที่มีโปเกมอนเต็มไปหมด ในภาคแรก (original series) ในเขตภูมิภาคคันโต เริ่มต้นในวันซาโตชิได้เป็นนักฝึกโปเกมอนวันแรก โปเกมอนตัวแรกซึ่งเป็นโปเกมอนคู่หูคือพิคาชู ซึ่งแตกต่างจากเกมที่จะได้เลือกฟุชิงิดาเนะ ฮิโตะคาเงะ และเซนิกาเมะ ซีรีส์นี้ดำเนินไปตามเนื้อเรื่องของเกมโปเกมอนภาคเร้ดและบลู ในเขตภูมิภาคที่ชื่อว่าคันโต ร่วมเดินทางไปกับ "ทาเคชิ" หรือ "บร็อก" (Brock) หัวหน้ายิมของเมืองนิบิ หรือพิวเตอร์ซิตี (Pewter City) และ "คาสึมิ" น้องสาวคนสุดท้องของกลุ่มพี่น้องหัวหน้ายิมในยิมของเมืองฮานาดะ หรือเซรูเลียนซิตี (Cerulean City) ซีซันต่อมาคือ Pokémon: Adventures on the Orange Islands ซึ่งเป็นการผจญภัยในหมู่เกาะออเร้นจ์ ซึ่งเป็นสถานที่ที่เป็นเอกลักษณ์ของเรื่อง และเปลี่ยนตัวละครจากทาเคชิเป็น "เค็นจิ" หรือ "เทรซีย์" (Tracey) จิตรกรและผู้ดูแลโปเกมอน ซีซันต่อมา เป็นเนื้อเรื่องของโปเกมอนรุ่นที่สอง ประกอบด้วย Pokémon: The Johto Journeys, Pokémon: Johto League Champions และ Pokémon: Master Quest ดำเนินเรื่องในเขตภูมิภาคโจโต มีตัวละครสามคนคือซาโตชิ ทาเคชิ และคาสึมิ เช่นเดิม

การผจญภัยยังคงดำเนินต่อในซีซัน Pokémon: Advanced ของซีรีส์ Pokémon: Advanced Generation ดำเนินเนื้อเรื่องตามเกมโปเกมอนรุ่นที่สาม ซาโตชิและเพื่อน ๆ เดินทางในเขตภูมิภาคโฮเอ็นซึ่งอยู่ทางใต้ ซาโตชิได้เป็นครูและผู้ให้คำปรึกษาให้กับนักฝึกโปเกมอนมือใหม่ที่ชื่อ "ฮารุกะ" น้องชายของเธอ "มาซาโตะ" ก็ร่วมเดินทางด้วย แต่ไม่ได้เป็นนักฝึกโปเกมอน แต่เขากลับรู้ข้อมูลโปเกมอนมากมาย และเป็นผู้ค้นหาเส้นทางตลอดการเดินทางด้วยโปเกนาวิ ในซีรีส์นี้ ทาเคชิก็มาร่วมเดินทางกับซาโตชิ แต่คาสึมิต้องกลับไปที่ยิมฮานาดะเพื่อทำหน้าที่เป็นหัวหน้ายิม (คาสึมิ รวมถึงตัวละครอื่น ยังปรากฏในซีรีส์พิเศษ Pokémon Chronicles ด้วย) ต่อด้วยซีซัน Pokémon: Advanced Challenge, Pokémon: Advanced Battle และจบซีรีส์ด้วยซีซัน Pokémon: Battle Frontier ยึดหลักตามเนื้อเรื่องเกมภาคเอเมอรัลด์และมุมมองลักษณะของเกมภาคไฟร์เร้ดและลีฟกรีน

ซีรีส์ต่อไปคือโปเกมอน ไดมอนด์ แอนด์ เพิร์ล (Diamond & Pearl) โดยซีรีส์นี้มาซาโตะ น้องชายของฮารุกะ ได้ออกจากกลุ่ม ซึ่งเขากลับไปยังโทกะซิตี้ และได้ดูแลโปเกมอนของพ่อของเขาซึ่งเป็นยิมลีดเดอร์และเลือกโปเกมอนเริ่มต้นและออกเดินทางด้วยตัวเอง และฮารุกะได้ไปเข้าแข่งขัน Pokemon Contest ที่ภูมิภาคโจโต ซาโตชิ ทาเคชิ และเพื่อนคนใหม่ "ฮิคาริ" ร่วมออกเดินทางไปตามภูมิภาคชินโอ

ซีรีส์ต่อไปคือพ็อกเก็ตมอนสเตอร์ เบส วิชเชส! (Best Wishes!) โดยซีรีส์นี้ฮิคาริได้ออกจากกลุ่มเพื่อเข้าแข่งขัน Pokemon Contest ที่ภูมิภาคโฮเอ็น และทาเคชิได้ออกจากกลุ่ม หลังจากที่ทาเคชิร่วมเดินทางด้วยกันมานานตั้งแต่ซีรีส์แรก เพื่อไปศึกษาต่อในการเป็น Pokemon Docter ซาโตชิได้เจอเพื่อนใหม่ "ไอริส" และ "เด็นโตะ" คู่หูคนใหม่และร่วมออกเดินทางไปตามภูมิภาคอิชชู และหมู่เกาะเดโคโลล่า

ซีรีส์ต่อไปคือพ็อกเก็ตมอนสเตอร์ XY โดยซีรีส์นี้ไอริสและเด็นโตะได้ออกจากกลุ่ม โดยที่ไอริสได้ออกเดินทางโดยหวังที่จะเป็นดราก้อนมาสเตอร์ และเด็นโตะได้ไปเข้าการแข่งขันตกปลาตามภูมิภาคต่างๆ ซาโตชิได้ออกเดินทางกับเพื่อนใหม่ "เซเรน่า" "ยูรีก้า" และ "ซิตรอน" ในภูมิภาคคาลอส

ซีรีส์ต่อไปคือพ็อกเก็ตมอนสเตอร์ ซันแอนด์มูน (Sun&Moon) โดยซีรีส์นี้เซเรน่าได้ออกจากกลุ่มเพื่อเข้าแข่งขัน Pokemon Contest ที่ภูมิภาคโฮเอ็น ยูรีก้า และซิตรอนได้กลับไปเป็นยิมลีดเดอร์ของเมียร์เร่ยิมอีกครั้ง ซาโตชิได้ได้พบกับเพื่อนใหม่ "คาคิ" "มาโอะ" "มามาเนะ" "ซุยเรน" และ "ลิเลีย" และได้เข้าโรงเรียนโปเกมอนที่เกาะเมเลเมเล่ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของภูมิภาคอโลลา

ซีรีส์ล่าสุดคือพ็อกเก็ตมอนสเตอร์ เจอร์นีย์ (Journeys) โดยซีรีส์นี้ทั้ง 6 คนได้แยกกันเพื่อไปทำตามเป้าหมายและความฝันของตนเอง คาคิตัดสินใจที่จะไปตระเวนเกาะและท้าสู้บททดสอบใหญ่ให้ครบทุกเกาะ มามาเนะไปที่ภูมิภาคโฮเอ็นเพื่อเยี่ยมชมสถานีอวกาศ ซุยเรนได้มุ่งหน้าออกทะเลเพื่อตามหามานาฟี่ มาโอะตัดสินใจที่จะอยู่และพัฒนาร้านอาหารของบ้านของตน ลิเลียได้แยกไปตามหาพ่อของตนพร้อมกับกลาจิโอ้และลูซามิเน่ และซาโตชิที่ได้ได้พบกับเพื่อนใหม่ "โก" และได้ร่วมเดินทางตั้งแต่ภูมิภาคคันโตถึงภูมิภาคกาลาร์