ในเรื่องโปเกมอนสเปเชียลได้แบ่งเป็นภาคต่างๆ ซึ่งมีตัวละครหลักในการดำเนินเรื่องได้แก่เรด, กรีน, บลู, เยลโลว์, โกลด์, คริสตัล, ซิลเวอร์, รูบี้, แซฟไฟร์ , เอเมอรัล , ไดมอน , เพิร์ล , แพตตินัม ทั้งนี้ยังมีตัวละครที่มีบทบาทสำคัญได้แก่ผู้นำโรงยิมต่างๆ และโปเกมอนหลักที่อยู่ภายใต้การดูแลของตัวละครหลักๆ และองกรฝ่ายร้าย เช่น แก็งร็อคเก็ต , แก็งแม็กม่า-อควอ , แก็งกาแลคติก