ซาโตชิ พิคาชู และเหล่าผองเพื่อนได้ออกเดินทางไปยังดินแถนแห่งหนึ่งซึ่งถูกคปกคลุมไปถ้วยอำนาจมืดพวกเขาจึงต้องช่วยกันนำลูกแก้วจากภูเขาสามแห่งกลับมายังดินแดนแห่งนึ้เพื่อสลายพลังอำนาจชั่วร้ายซึ่งพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับเหล่าโปเกมอนวิหคที่มากด้วยพละกำลังมหาศาล แต่การต่อสู่กลับปลุกลูเกีย โปเกมอนแห่งท้องทะเลลึก ให้ตื่นขึ้นและช่วยปกป้องพวยกซาโตชิ ให้นำลูกแก้วกลับมา อย่างปลอดภัย ...