ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ ชีน่าและ เควิน ผู้พิทักษ์ โบราณสถานในเมืองชีน่า ชีน่าได้เล่าถึง ประวัติของดินแดนแห่งนี้ให้ฟัง หลังจากที่ อาร์เซอุส โปเกมอนในตำนานออกมาอาละวาดและตั้งใจจะ ล้างเผ่าพันธุ์ มนุษย์ ซาโตชิและเพื่อนๆ จึงได้ย้อนกลับไปในอดีต เพื่อแก้ไขอดีตที่ผิดพลาด