ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้เดินทางไปยัง โปเกมอนฮิลล์ และที่นั่น ซาโตชิ ได้พบกับโกเกมอนประหลาด เกโนเซ็กท์ ซึ่งเอาแต่คร่ำครวญว่าอยากกลับบ้าน แต่ขณะที่ซาโตชิพยายามจะสื่อสารกับมันอยู่นั้น พวกเกโนเซ็กท์อีกกลุ่มภายใต้การนำของเกโนเซ็กท์สีแดง ก็ได้ปรากฏตัวขึ้น พวกมันจู่โจมใส่ซาโตชิและเหล่าโปเกมอน แต่มิวทู ได้เข้ามายับยั้งพวกมันได้ทันเวลาแต่ดูเหมือนว่าเกโนเซ็กท์กลุ่มนี้จะไม่ใช่โปเกมอนที่มีเหตุผลนักนวกมันต้องการเปลี่ยนโลกใบนี้ให้เป็นสถานที่ที่มันจากมา ซึ่งนั่นอาจสร้างความเสียหายใหญ่หลวง พวกซาโตชิและมิวทูจะยับยั้งพวกเกโนเซ็กท์ไว้ได้ทันเวลาหรือไม่ ?