เช่นเดียวกับโปเกมอนภาคเรด,บลู และเยลโลว์ ตัวโปเกมอน โกลด์และซิลเวอร์ มีมุมมองการเล่นจากด้านบนหรือเรียกว่าบุคคลที่สาม โดยสามารถใช้ผู้เล่นเดินทางไปได้ทั่วโลกของเกม และสามารถสนทนากับวัตถุและตัวละครอื่นได้ ในการสำรวจโลกของเกมก็จะมีภูมิประเทศที่แตกต่างกันออกไป เช่นทุ่งหญ้า,ป่า,ถ้ำและทะเล ซึ่งก็จะมีโปเกมอนที่มีสายพันธุ์แตกต่างกันอยู่ เมื่อเราเดินสุ่มแล้วเจอกับโปเกมอนเหล่านี้หน้าจอจะสลับไปที่"ฉากต่อสู้"ซึ่งจำเป็นต้องใช้โปเกมอนของเราเข้าสู้[3]

ตัวเกมมีเป้าหมายหลักสองประการคือ: ต้องผ่านเนื้อเรื่องหลักของเกม และต้องเอาชนะสี่จตุรเทพ(Elite Four)และแชมป์คนเก่า เพื่อที่เราจะได้เป็นเป็นแชมป์คนใหม่[4] และเอาชนะเรด ซึ่งเราจะต้องเติมเต็มโปเกเด็กซ์ด้วยการจับและพัฒนา ให้ได้โปเกมอนครบ251ชนิด ส่วนสำคัญจะพัฒนาและเพิ่มโปเกมอนของผู้เล่นคือ โดยผู้เล่นจะต้องต่อสู้กับโปเกมอนตัวอื่นซึ่งสามารถพบได้ในป่า หรือโปเกมอนที่มีเจ้าของฝึกอบรมอื่นๆ ก็จะมีระบบค่าประสบการณ์(EXP) และเลเวล ลักษณะพบได้ทั่วไปในวิดีโอเกมโปเกมอนทุกภาค ซึ่งก็จะทำให้โปเกมอนเกิดการพัฒนาร่างจากการต่อสู้และได้เรียนรู้ท่าต่างๆ[5]

ระบบใหม่

โปเกมอน ภาคโกลด์และซิลเวอร์ยังคงรักษากลไกพื้นฐานอย่างการควบคุม,การต่อสู้และการพัฒนาร่าง คุณสมบัติใหม่ที่ถูกเพิ่มขึ้นในเกมนี้คือระบบเวลา ซึ่งใช้ระบบเวลาจริงๆที่เป็นวัน,สัปดาห์ รวมทั้งยังมีการบันทึกเหตุการณ์บางอย่าง เช่นการปรากฏตัวของโปเกมอนใหม่ๆ ซึ่งก็ส่งผลต่อเกมนี้[3] และมีการเพิ่มไอเทมใหม่เพื่อที่ผู้เล่นจะได้นำมาใช้ประโยชน์: มีไอเทมฟื้นฟูสำหรับโปเกมอนดังนี้[6] มีไอเทมใหม่ซึ่งก็คือเบอร์รี่ ซึ่งสามารถฟื้นฟูพลังชีวิตหรือรักษาผลแทรกซ้อนอื่นๆให้กับโปเกมอนในระหว่างการต่อสู้ ได้มีการเพิ่มเติมชนิดของโปเกบอล และก็ทำให้จับโปเกมอนได้ง่ายขึ้นได้ง่ายในบางสถานการณ์[7] ซึ่งไดมีไอเทมใหม่โปเกเกียร์ (ญี่ปุ่น: Pokégear โรมาจิ: ポケギア ทับศัพท์: Pokegia) ซึ่งมีหน้าที่เป็นนาฬิกา,แผนที่,วิทยุ,โทรศัพท์, ช่วยให้ผู้เล่นสามารถคุยกับตัวละครอื่นๆได้ รวมทั้งยังมีหมายเลขโทรศัพท์ของตนเอง และผู้อื่น และตัวละครอื่นก็สมารถโทรบอกเรื่องที่เกี่ยวกับโปเกมอนหายากที่สามารถจับได้ในบางพื้นที่[8]

เกมนี้ได้แนะนำไรโคว,เอ็นเทย์และซุยคุน โปเกมอนในตำนานชนิดใหม่ ที่จะเดินไปรอบๆเขตโจโตและจะเปลี่ยนสถานที่บ่อย[9] สามารถติดตามได้ด้วยโปเกเด็กซ์ ซึ่งต้องเคยเจอ และมักจะพยายามหนี แต่พลังชีวิตก็ยังถือว่าน้อย นอกจากนี้ยังมีความเป็นไปได้ที่จะพบกับโปเกมอนที่มีสีแตกต่างจากโปเกมอนตามปกติ แต่ก็ปรากฏน้อยมาก[10] มีการเพื่มชนิดของโปเกมอนใหม่สองชนิดคือ ธาตุเหล็กและธาตุความมืด[11] ประเภทเหล็กจะเป็นโปเกมอนที่มีการป้องกันสูงมาก และไม่ก่อการเกิดปฏิกิริยาอื่นๆ ในขณะที่ธาตุความมืดเป็นโปเกมอนประเภทมีภูมิคุ้มกันต่อท่าพลังจิตและชนะทางต่อโปเกมอนประเภทพลังจิต รวมทั้งยังมีจุดอ่อนน้อย[5] ในภาคโกลด์และซิลเวอร์ สามารถที่จะแลกเปลี่ยนโปเกมอนได้ แต่ไม่สามารถที่จะแลกเปลี่ยนโปเกมอนที่อยู่ในเจเนอร์เรชั่นก่อนๆได้ วิธีแก้ปัญหานี้จึงต้องย้ายระบบลบที่รู้จัก จึงจะสามารถลบหรือย้ายโปเกมอนได้ ที่สำคัญอีกคือการเปลี่ยนแปลงสถานะพิเศษในการโจมตีท่าพิเศษและการป้องกันท่าพิเศษที่เพิ่มขึ้นสำหรับต่อสู้[5]

มีการแนะนำเพศของโปเกมอนสายพันธุ์เดียวกันเป็นครั้งแรกในเกม โปเกมอนที่นำไปเก็บไว้ในโปเกมอนเดย์แคร์ พวกมันอาจจะฟักไข่ออกมาเป็นโปเกมอนตัวใหม่[12] โปเกมอนตัวลูกจะสืบสายพันธุ์ทางฝั่งแม่ แต่ย้ายมาจากพ่อ อย่างไรก็ตาม โปเกมอนในตำนานบางชนิดก็ไม่สามารถที่จะผสมพันธุ์ได้[13]