สามปีหลังจากที่ชาร์ อัสนาเบิ้ลได้หายสาปสูญไปพร้อมกับอามุโร่ หรือในภาค โมบิลสูทกันดั้ม : ชาร์ เคาน์เตอร์ แอทแทค Vist foundation องค์การรายหนึ่ง ได้ครอบครองกล่องของ ลาพลาส มาโดยบังเอิญ แต่ผู้นำของ Vist foundation รุ่นที่สอง กลับจะต้องการส่งกล่องของลาพลาสให้กับพวกนีโอซีอ้อน โดยได้เชิญทั้งฝ่ายสหพันธ์และนีโอซีอ้อนมาร่วมการประชุมเพื่อมอบกล่องของลาพลาส แต่ เจ้าหญิงแห่งเนโอ ซีออน มิเนว่า ซาบี้ซึ่งได้ใช้ชื่อปลอมว่า Audrey Burne และแอบติดมากับกองยาน ได้พยายามที่จะบอกให้ Vist foundation ให้หยุดการกระทำ มันอาจจะนำมาซึ่งสงครามครั้งใหญ่ แต่สถาณการกลับแย่ลง เมื่อกองทัพสหพันธ์ได้บุกโจมตี เพื่อที่จะชิง กล่องของลาพลาสมาไว้ ในขณะนั้นเอง บาร์นาช ลิงก์ ได้บังเอิญช่วยมิเนว่าไว้ โชคชะตาชิขิตให้เขาต้องมาพัวพันกับสงครามเนโอซีออน ครั้งที่สาม และการกลับมาของ ฟูล ฟรอนทัล ผู้ที่ได้รับการขนานนามว่า การกลับมาของชาร์ ทำสงครามครั้งสุดท้ายกับสหพันธ์โลก