สาธารณรัฐซีออนที่ซึ่งกำลังอ่อนแอเนื่องจากเสียผู้นำไปจากครั้งการก่อกบฏในซีออนนั้น ได้รับการจุดประกายความหวังอีกครั้งเมื่อชายที่ชื่อ ชาร์ อัสนาเบิ้ล ซึ่งแท้จริงแล้วเขาคือ "แคสวัล เลม ไดคุน" ผู้สืบทอดของซีออนที่แท้จริงได้ปรากฏตัวขึ้นมาและนำกองทัพนีโอ ซีออน บุกโจมตีโลกอีกครั้ง โดยครั้งนี้พวกเขามีแผนที่จะใช้ ทิ้งลูน่าที่ 5 ซึ่งเป็นสถานีอวกาศที่เคยใช้ในการสร้างโคโลนี่เมื่อครั้งมนุษย์เริ่มออกเดินทางสู่อวกาศ, ลงสู่บนพื่นโลกซึ่งเป็นฐานทัพของกองทัพโลกซึ่งตั้งอยู่ ณ ทิเบต เมืองลาซา ทำให้หน่วยลอนโด เบลล์ กองกำลังอิสระภายใต้สังกัดกองทัพโลก ซึ่งมี อามุโร่ เรย์ ศัตรูคู่แค้นของชาร์ในสงครามหนึ่งปี ชายผู้นำชัยชนะมาสู่กองทัพโลก ซึ่งรับรู้ถึงแผนการอันชั่วร้ายของชาห์ ดังนั้นอามุโร่จึงต้องร่วมมือกับ ไบรท์ โนอา อดีตกัปตันไวท์เบสเมื่อครั้งสงครามหนึ่งปี ในการที่จะหยุดการกระทำครั้งนี้ รวมไปถึงการตัดสินขั้นเด็ดขาดกับชาร์อีกด้วย