โยชิส์ซาฟารี เป็นเกมยิงปืนบนราง ที่มีอุปกรณ์เป็นซุปเปอร์สโคปแบบปืนขนาดพกพา[3]

ในเกมนี้ ผู้เล่นจะรับบทเป็นมาริโอที่ขี่บนหลังของโยชิ[4] และเห็นหัวของโยชิตรงด้านล่างของจอ ถ้าผู้เล่นเผลอยิงใส่หัวมัน จะทำให้คุณเสียพลังชีวิตและโยชิจะมองคุณไม่ดี[ต้องการอ้างอิง] ซุปเปอร์สโคปสามารถยิงอัตโนมัติได้ แต่จะทำให้พลังงานลดลง อัตราการยิงจะลดลงเรื่อยๆ ในตอนที่แถบพลังงานเริ่มหมดลง. เมื่อแถบไม่มีพลังงานเหลือแล้ว ผู้เล่นยังคงยิงปืนได้อีก แต่จะยิงได้แค่หนึ่งครั้งถ้ายังคงกดปุ่มยิงอีก ซึ่งหมายความว่าผู้เล่นต้องปล่อยปุ่มยิงก่อนเพื่อชาร์จปืนให้พร้อมยิง ในเกมนี้มีดอกไม้ไฟอยู่ 2 ดอก การเก็บมันจะทำให้ผู้เล่นยิงได้มากขึ้น

เกมนี้ได้ให้ความสำคัญที่พื้นของเกม โดยมีช่วงหนึ่งที่ผู้เล่นจะต้องกระโดด เพื่อหลีกให้พ้นจากสิ่งกีดขวาง แล้วมีทางแยกที่จะนำไปสู่ศัตรูตัวอื่น, มินิบอส หรือรางวัล โดยจะจบตรงถนนที่ไปยังบอสของด่าน ซึ่งจะเป็นได้ทั้งกูปปะลิงส์, บอสที่มีตัวใหญ่กว่าเดิม (เช่นบิ๊กแมกิกุปปะ หรือบิ๊กบู); หรือตัวบาวเซอร์เองที่ใส่ชุดเกราะพร้อมกับปืนบนมือสองอัน และปืนใหญ่ที่มีพลังทำลายล้างตั้งอยู่ในท้อง

หลังจบเกมแล้ว จะมีรหัสเข้าสู่โหมดยาก ซึ่งจะทำได้ที่หน้าจอหลัก. โดยไม่เพียงแค่เปลี่ยนสีของด่านเท่านั้น แต่จะทำให้ผู้เล่นชนะบอสได้ยากขึ้น และเปลี่ยนเนื้อเรื่องเป็นอีกเรื่องที่ดูเหมือนแบบเก่า