โยโกเซะมีการปกครองรูปแบบนายกเทศมนตรี–สภา โดยมีนายกเทศมนตรีที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรง และสภาเทศบาลเมืองซึ่งเป็นระบบสภาเดียวที่มีสมาชิก 12 คน ในการเมืองระดับจังหวัด เมืองโยโกเซะ พร้อมทั้งเมืองฮิงาชิจิจิบุ มินาโนะ นางาโตโระ และโองาโนะ ปร่ะกอบกันเป็นเขตเลือกตั้งที่ให้สมาชิกสภาจังหวัดไซตามะจำนวน 1 ที่นั่ง ในแง่ของการเมืองระดับชาติ เมืองนี้เป็นส่วนหนึ่งของเขตเลือกตั้งไซตามะที่ 11 ของสภาผู้แทนราษฎรในสภานิติบัญญัติแห่งชาติญี่ปุ่น