เมื่อปี พ.ศ. 2403 ที่มีการก่อตั้งมิชชันนารี คณะเพรสไบทีเรียนมิชชั่นขึ้นในกรุงเทพฯ โดยงานทางการแพทย์ของมิชชันนารี เริ่มมีโรงพยาบาลที่ดำเนินงานอยู่ภายใต้มูลนิธิเป็นแห่งแรกในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง เมื่อคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียนมิชชั่น ร่วมกับสภาคริสตจักรในประเทศไทย จัดซื้อที่ดินบนถนนสีลม มีเนื้อที่ประมาณ 11 ไร่ พร้อมอาคารไม้หลังเก่าที่ปลูกสร้างอยู่เดิม และดัดแปลงเป็นโรงพยาบาล เปิดให้รักษาพยาบาล ในชื่อ “โรงพยาบาลกรุงเทพคริสเตียน” โดยมีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2492

การดำเนินกิจการของโรงพยาบาลกรุงเทพคริสเตียน ในช่วง 4-5 ปีแรกประสบความสำเร็จเป็นอย่างดี มีผู้ป่วยมาใช้บริการเพิ่มมากขึ้นอย่างต่อเนื่อง จนต้องขยับขยายพื้นที่ โดยดำเนินการก่อสร้างอาคารคอนกรีต 3 ชั้นขึ้นหลังหนึ่ง เพื่อเปิดเป็นแผนกรับผู้ป่วยนอก แผนกธุรการ แผนกทันตกรรม แผนกชันสูตรโรค ห้องนมัสการ และแผนกเภสัชกรรม และในปี พ.ศ. 2503 โรงพยาบาลรับเงินบริจาคของคุณหญิงเมธาธิบดี จึงก่อสร้างอาคารศัลยกรรมเพิ่มขึ้นอีกหลังหนึ่ง โดยสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ทรงพระกรุณาเสด็จฯ ทรงเปิดอาคารอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 27 มกราคม พ.ศ. 2504

ด้วยจำนวนคนไข้เพิ่มมากขึ้นเป็นลำดับ อีกทั้งอาคารหลังเก่า ที่ดัดแปลงเริ่มไม่เหมาะสม ทางโรงพยาบาลจึงดำเนิน โครงการก่อสร้าง “อาคารประสงค์ชัยรัตน์” ซึ่งเป็นอาคารหลังใหม่ ที่มีขนาดใหญ่และทันสมัยกว่า มีการหาเงินทุนที่ใช้ในการก่อสร้าง โดยการจัดฉายภาพยนตร์ รอบปฐมทัศน์เรื่อง 80 วันรอบโลก ซึ่งได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ เสด็จฯ ทอดพระเนตรภาพยนตร์ในรอบนี้ และยังพระราชทาน พระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ สมทบทุนการก่อสร้างอาคารคนไข้ภายใน และทรงพระกรุณา เสด็จฯ เปิดอาคารเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2508

โรงพยาบาลก่อสร้างอาคารหอพัก 9 ชั้นขึ้น ในปี พ.ศ. 2513 เพื่อเป็นที่พักของแพทย์ พยาบาล และเจ้าหน้าที่ ชั้นล่างเป็นห้องอาหารและห้องครัวที่ทันสมัย และต่อมา ก่อสร้างอาคารสำนักงานสูง 15 ชั้นขึ้นทางด้านถนนสุรวงศ์ ในนาม “อาคารมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย (อาคาร ซีซีที.)” เพื่อเป็นเกียรติแก่ สภาคริสตจักรในประเทศไทย โดยเปิดให้สำนักงานต่าง ๆ เช่า และมีอาคารจอดรถสูง 10 ชั้น โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจาก สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จฯ ทรงเป็นประธานเปิดอาคารเมื่อวันที่ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2530[1]