พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้จัดตั้งสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ เพื่อผลิตบัณฑิตทางด้านการแพทย์แผนไทยประยุกต์ และสาขาวิชาอื่นที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้การจัดการเรียนการสอนด้านการแพทย์แผนไทยประยุกต์และสาขาวิชาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องบรรลุวัตถุประสงค์ มหาวิทยาลัยได้จัดให้มีการสร้างอาคารเรียนปฏิบัติการด้านวิทยาศาสตร์และสุขภาพเพื่อใช้เป็นโรงพยาบาล โดยได้รับงบประมาณแผ่นดินทั้งสิ้นประมาณ 204 ล้านบาท ประกอบด้วยอาอาร 2 หลัง คือ อาคารเรียนและปฏิบัติการด้านวิทยาศาสตร์และสุขภาพ และอาคารปฏิบัติการด้านแพทย์แผนไทยประยุกต์ ซึ่งใช้เป็นอาคารหอผู้ป่วย สำหรับผู้ป่วยที่มารับการรักษาในระบบผสมผสานระหว่างการแพทย์แผนปัจจุบัน การแพทย์แผนไทยประยุกต์ การแพทย์ทางเลือก โดยมีจำนวนเตียงผู้ป่วย 136 เตียง[1]

มหาวิทยาลัยมุ่งหวังยิ่งว่า อาคารผู้ป่วยโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ศูนย์การแพทย์แผนไทยประยุกต์แห่งนี้ จะเป็นโรงพยาบาลที่อำนวยประโยชน์ด้านการผลิตบัณฑิตด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพออกไปรับใช้ประเทศชาติและประชาชนได้เป็นอย่างดี นอกจากนี้ยังสามารถอำนวยประโยชน์ด้านการรักษาแก่พี่น้องประชาชนในจังหวัดเชียงราย จังหวัดใกล้เคียง และประชาชนในกลุ่มประเทศอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง[2]

เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2562 ทางมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้มีมติจัดตั้ง สำนักวิชาการแพทย์บูรณาการเป็นสำนักวิชาใหม่ ที่แยกตัวออกมาจากสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ เป็นสำนักวิชาลำดับที่ 15 ซึ่งประกอบด้วยหลักสูตรระดับปริญญาตรี จำนวน 3 หลักสูตร  ได้แก่ หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต, หลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต และหลักสูตรกายภาพบำบัดบัณฑิต และต่อมาได้ปรับปรุงรูปแบบเดิมของโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยการที่พัฒนาขึ้นให้เป็นโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง การแพทย์แบบบูรณาการ ของสำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ที่จะเน้นการรักษาแพทย์แผนแบบดั้งเดิม มุ่งเน้นคุณภาพการให้บริการทางการแพทย์แบบผสมผสาน ให้บริการตรวจรักษาด้วยแพทย์แผนไทย แพทย์แผนจีน กายภาพบำบัดแบบองค์รวม คลินิกผิวหนังและเวชศาสตร์ชะลอวัย กลุ่มเป้าหมายคือ ผู้ป่วยและประชาชนทั่วไป เป็นแหล่งฝึกปฏิบัติการแพทย์แบบบูรณาการ (Integrative Medicine) ของนักศึกษาสำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง[3]

นอกจากภารกิจในการให้บริการผู้ป่วยแล้ว โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง การแพทย์บูรณาการยังมีส่วนสำคัญช่วยสนับสนุนสำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงในงานวิชาการด้านต่าง ๆ ทั้งการสอน การวิจัย และเป็นที่ศึกษาดูงานของบุคลากรทางการแพทย์ทางเลือกทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศ