เมื่อเริ่มเปิดดำเนินการได้รับโอนผู้ป่วยชายเรื้อรัง จำนวน 150 คน จากโรงพยาบาลสมเด็จเจ้าพระยา มาทำการรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพและรับผู้ป่วยจากเรือนจำนนทบุรี เข้ารับการรักษา ต่อมาเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2485 โรงพยาบาลโรคจิตนนทบุรีได้ย้ายมาสังกัดโรงพยาบาลโรคจิต กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ศาสตราจารย์ นายแพทย์ ฝน แสงสิงแก้ว ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการกองโรงพยาบาลโรคจิต ได้พิจารณาเห็นว่าสังคมตั้งข้อรังเกียจ “โรคจิต” ประชาชนไม่นิยมมารับการรักษาจึงได้ดำเนินการ ให้โรงพยาบาลโรคจิตทุกแห่งเปลี่ยนชื่อใหม่ โดยอาศัยประวัติความเป็นมาของโรงพยาบาลซึ่งเป็นที่อุดมสมบูรณ์ เหมาะสำหรับการทำนาข้าว จึงได้เปลี่ยนชื่อโรงพยาบาลเป็น “โรงพยาบาลศรีธัญญานนทบุรี” ตั้งแแต่ปี พ.ศ. 2497 เป็นต้นมา มีผู้อำนวยการโรงพยาบาลหลายท่านทำหน้าที่บริหารจัดการ และพัฒนาโรงพยาบาลศรีธัญญาอย่างต่อเนื่องจากอดีตจนถึงปัจจุบัน