แรกเริ่มสมเด็จพระนางเจ้าสว่างวัฒนา พระบรมราชเทวีทรงฝากโรงพยาบาลสมเด็จสมเด็จนี้ไว้ในสังกัดโรงพยาบาลศิริราช จนถึงปี พ.ศ. 2461 พระองค์ได้โปรดเกล้าฯ ให้โรงพยาบาลนี้ไปอยู่ภายในการกำกับดูแลของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[9] ภายใต้กระทรวงธรรมการ(กระทรวงศึกษาธิการ) 10 ปีให้หลังในเดือนเมษายน พ.ศ. 2471 จึงโปรดเกล้าฯให้โอนโรงพยาบาลจากกระทรวงธรรมการไปสังกัดสภากาชาดไทย เป็นโรงพยาบาลแห่งที่สองของสภากาชาดไทยแต่มีอายุมากกว่าโรงพยาบาลแห่งแรกคือโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ถึง 12 ปี[10]