โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม) เป็นหนึ่งใน ๙ โรงเรียนเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เนื่องในโอกาสการจัดงานฉลองสิริราชสมบัติ ครบ ๕๐ ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2539 จัดตั้งโดยกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ในขณะนั้นปัจจุบันโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม) ได้มีการยกระดับให้ก้าวสู่การเป็นโรงเรียนส่งเสริมความเป็นเลิศทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ เช่นเดียวกับโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช และเพื่อสนองตอบต่อนโยบายการปฏิรูปการศึกษาของประเทศในการพัฒนาเยาวชนให้สู่ความเป็นเลิศ ร่วมกับโรงเรียนกาญจนาภิเษกอีกทั้ง 8 แห่ง ซึ่งคณะทำงานในการยกระดับโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัยก้าวสู่การเป็นโรงเรียนส่งเสริมความเป็นเลิศทางด้านวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ได้เสนอแผนโครงการ และ รมว.ศธ. ได้มอบให้ สพฐ. ได้ปรับใช้งบประมาณปี ๒๕๕๔ มาดำเนินการให้กับโรงเรียนในการปรับปรุงเบื้องต้น โรงเรียนละ ๕ ล้านบาท สำหรับแผนการพัฒนาตั้งแต่ปี ๒๕๕๕-๒๕๖๑ ให้ สพฐ. ดำเนินการตามแผนงบประมาณรายจ่ายประจำปีให้เป็นไปตามนโยบายที่ได้จัดทำร่วมกัน