• นางสายพิณ มณีศรีช่วงเวลาบริหาร 25 กรกฎาคม 2539 ถึง วันที่ 1 พฤศจิกายน 2544

ประวัติ กรมสามัญศึกษา ในขณะนั้นได้มอบหมายให้นางสายพิณ มณีศรี ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนสตรีวิทยา ในขณะนั้น เป็นผู้รับผิดชอบในการดำเนินการประสานงาน และบริหารโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม โดยได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม 2539 และตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2540

• นางลัดดา ผลวัฒนะช่วงเวลาบริหาร 1 พฤศจิกายน 2544 ถึง วันที่ 16 พฤศจิกายน 2547

ประวัติ กรมสามัญศึกษา ในขณะนั้นได้มอบหมาย นางลัดดา ผลวัฒนะ ผู้อำนวยการโรงเรียนจากโรงเรียนถาวรานุกูล จังหวัดสมุทรสงคราม ในขณะนั้น ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม) และลาออกจากราชการเมื่อ 16 พฤศจิกายน 2547

• นายประเสริฐ บุญฤทธิ์ช่วงเวลาบริหาร ถึงวันที่ 30 กันยายน 2549

ประวัติ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ได้มอบหมายให้ นายประเสริฐ บุญฤทธิ์ ผู้ตรวจราชการ กระทรวงศึกษาธิการ ในขณะนั้น มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม) และเกษียณอายุราชการเมื่อวันที่ 30 กันยายน 2549

• ดร.สุรีย์พร สุนทรศารทูลช่วงเวลาบริหาร 22 ธันวาคม 2549 ถึง 30 กันยายน 2554

ประวัติ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 2 ได้มอบหมาย นางสุรีย์พร สุนทรศารทูล ผู้อำนวยการโรงเรียนจากโรงเรียนสามพรานวิทยา จังหวัดนครปฐม ในขณะนั้นดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม)

• ดร.นพดล เด่นดวงช่วงเวลาบริหาร 14 ตุลาคม 2554 ถึง กันยายน 2561

ประวัติ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9 ได้มอบหมาย นายนพดล เด่นดวง ผู้อำนวยการโรงเรียนจากโรงเรียนสามพรานวิทยา จังหวัดนครปฐม ในขณะนั้น ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย นครปฐม (พระตำหนักสวนกุหลาบมัธยม)

• ดร.สุริยา ชิณณะพงศ์